AllenSDK如何获取cell所属的cluster？
How to get the cluster to which a cell belongs, using AllenSDK?
在"A Cellular Taxonomy of the Mouse Visual Cortex"页面上，"Explore the Data" section，第一行显示了小鼠视觉皮层细胞的簇名称列表：
问题：给定小鼠视觉皮层细胞的标本ID（例如505808144），如何找到该细胞所属的簇名称？
我可以通过 AllenSDK get_cell(id) 方法获取单元元数据，但返回的元数据似乎不包含集群的名称。
好问题。
细胞类型数据库包含两组数据集 -- 大组仅转录组学细胞（参见 http://celltypes.brain-map.org/download), and one large set of cells with electrophysiology, some of which also have morphology (http://celltypes.brain-map.org/data). Detailed information on the experimental overview and methods used in these studies is available as whitepapers in the Documentation section (http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation）。
您问题中的示例细胞具有电生理学和形态学，但没有转录组学，因此它本身不属于转录组学簇。
AllenSDK 目前支持下载电生理学-形态学细胞的元数据，但不支持仅转录组学的细胞。您可以将这些单元格的元数据下载为 CSV 文件。如果您希望能够从 AllenSDK 而不是平面 CSV 文件访问转录组学元数据，请在 AllenSDK 问题跟踪器 (https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues) 上创建一个问题。
好消息——几天后我们将发布您在此处看到的大部分数据 (http://celltypes.brain-map.org/data) 的聚类分配，包括小鼠视觉皮层数据集。这将包括一些数据集的更多单元格。您将能够将此数据（包括集群分配和元数据）下载为 CSV 文件。
请注意，细胞类型数据库中可用的小鼠视觉皮层数据是一组与细胞分类科学案例研究中的数据不同的细胞（和分析方法）。
感谢您的提问！
在"A Cellular Taxonomy of the Mouse Visual Cortex"页面上，"Explore the Data" section，第一行显示了小鼠视觉皮层细胞的簇名称列表：
问题：给定小鼠视觉皮层细胞的标本ID（例如505808144），如何找到该细胞所属的簇名称？
我可以通过 AllenSDK get_cell(id) 方法获取单元元数据，但返回的元数据似乎不包含集群的名称。
好问题。
细胞类型数据库包含两组数据集 -- 大组仅转录组学细胞（参见 http://celltypes.brain-map.org/download), and one large set of cells with electrophysiology, some of which also have morphology (http://celltypes.brain-map.org/data). Detailed information on the experimental overview and methods used in these studies is available as whitepapers in the Documentation section (http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation）。
您问题中的示例细胞具有电生理学和形态学，但没有转录组学，因此它本身不属于转录组学簇。
AllenSDK 目前支持下载电生理学-形态学细胞的元数据，但不支持仅转录组学的细胞。您可以将这些单元格的元数据下载为 CSV 文件。如果您希望能够从 AllenSDK 而不是平面 CSV 文件访问转录组学元数据，请在 AllenSDK 问题跟踪器 (https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues) 上创建一个问题。
好消息——几天后我们将发布您在此处看到的大部分数据 (http://celltypes.brain-map.org/data) 的聚类分配，包括小鼠视觉皮层数据集。这将包括一些数据集的更多单元格。您将能够将此数据（包括集群分配和元数据）下载为 CSV 文件。
请注意，细胞类型数据库中可用的小鼠视觉皮层数据是一组与细胞分类科学案例研究中的数据不同的细胞（和分析方法）。
感谢您的提问！