Cython：共享对象中的未定义符号

Question

我正在 python 项目中导入 c++ 代码，一切似乎都编译得很好但是当导入我的 .pyx 时我得到：

from AGCython import *
ImportError: /path/to/shared/object/AGCython.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: c_Stat_GetMeanAndVariance_double

在我的 AGCython.pyx 我有：

cdef extern void c_Stat_GetMeanAndVariance_double (double* array, int nSize, double* mean, double* var)

及其 python 包装器

def Stat_GetMeanAndVariance_double(np.ndarray[double, ndim=1, mode="c"] input not None):
    cdef int m #nSize
    m = input.shape[0]
    cdef double mean, var
    c_Stat_GetMeanAndVariance_double(&input[0], m, &mean, &var)
    return mean, var

这个cpp函数定义在AGc.cpp:

#include "AGc.h"
void c_Stat_GetMeanAndVariance_double(const double *aData, const int nSize, double &mean, double &var)
{
    // Special case, small vector
    if (nSize<=1)
    {
        var= 0;
        if (nSize)
            mean= *aData;
        else
            mean= 0;
        return;
    }

    double s, ssqr;
    Stat_GetSums_double(aData, nSize, s, ssqr);

    mean= s/nSize;
    var= Stat_GetVariance(s, ssqr, nSize);
    return;
}

和AGc.h包含：

void c_Stat_GetMeanAndVariance_double(const double *aData, const int nSize, double &mean, double &var);

我的编译脚本是这样的：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
from distutils.extension import Extension
import numpy


sourcefiles = ['AGCython.pyx', 'AGc.cpp']

extensions = [Extension("AGCython", sourcefiles)]

setup(
    ext_modules = cythonize(extensions, annotate=True)
)

导致此 gcc 调用的结果：

gcc -pthread -B /home/ludvig/anaconda3/compiler_compat -Wl,--sysroot=/ -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/home/ludvig/anaconda3/include/python3.6m -c AGc.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.6/AGc.o
cc1plus: warning: command line option ‘-Wstrict-prototypes’ is valid for C/ObjC but not for C++
g++ -pthread -shared -B /home/ludvig/anaconda3/compiler_compat -L/home/ludvig/anaconda3/lib -Wl,-rpath=/home/ludvig/anaconda3/lib -Wl,--no-as-needed -Wl,--sysroot=/ build/temp.linux-x86_64-3.6/AGCython.o build/temp.linux-x86_64-3.6/AGc.o -o /path/to/my/project/AGCython.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so

我不明白我在这里错过了什么，我认为警告不是阅读 this 问题

的问题

Answer 1

你的问题是name-mangling。然而，它不起作用的原因有两个。

第一个

C-language 没有 name-mangling 默认情况下用于 AGCython.pyx，即它期望符号的名称为 c_Stat_GetMeanAndVariance_double.

附加文件是 *.cpp，因此 gcc 决定将其编译为 C++-source-code，这意味着 name-mangling 开始，相应的符号名称变为 _Z32c_Stat_GetMeanAndVariance_doublePKdiRdS1_.因此寻找 non-mangled-name，加载程序在运行时失败。

有不同的方法来修复它，但如果您打算使用 c++，最简单的方法是将 language='c++' 添加到您的设置中：

extensions = [Extension("AGCython", 
                        sourcefiles,
                        language='c++')]

第二个：

您将导出的函数声明为：

cdef extern void c_Stat_GetMeanAndVariance_double (...)

从cython翻译成

__PYX_EXTERN_C DL_IMPORT(无效) c_Stat_GetMeanAndVariance_double(...);

而 __PYX_EXTERN_C 是一个定义：

#ifndef __PYX_EXTERN_C
  #ifdef __cplusplus
    #define __PYX_EXTERN_C extern "C"
  #else
    #define __PYX_EXTERN_C extern
  #endif
#endif

这意味着它关闭了 C++ 案例的 name-mangling。为避免这种情况，您需要像通常那样包含 header 中的函数：

cdef extern from "AGc.h":
    void c_Stat_GetMeanAndVariance_double(...)

Answer 2

最终对我有用的是改变

cdef extern void c_Stat_GetMeanAndVariance_double (double* array, int nSize, double &mean, double &var)

进入：

cdef extern from "AGc.h":
    void c_Stat_GetMeanAndVariance_double(const double* aData, const int nSize, double &mean, double &var)

从查看 this page in the cython docs

为什么这行得通而不是其他方式我不确定，但是

Cython：共享对象中的未定义符号

Cython: undefined symbol in shared object

c++

cython