处理通过文件交换的数据 BASH

Question

首先，对于我极其的编码基础知识，我深表歉意。然后我希望我能够正确地表达我自己的问题。不要犹豫，要求进一步的澄清或其他...

我在后处理数据时遇到问题...

我的目标是重新组合交换的数据。

编辑：这是一个 .rar 文件夹，其中包含我的测试示例和我尝试使其工作的示例...（当它需要处理数据时不要害怕）

https://drive.google.com/file/d/1AEPUc8haT5_Z3LR3jnZZlpyfxhdDwwo6/view?usp=sharing

编辑 2：这是我在纸上所期望的（它是我的 rar 存档中的 TestReorder3OK 文件夹）

enter image description here

编辑 3：最小的完整示例

脚本：

#!/bin/bash

# Definir le nombre de replica

NP=3
NP1=$[NP-1]
rm torder*
for repl in `seq 0 $NP1`
do
   echo $repl
# colle la colonne 2 du fichier .lammps dans un fichier rep_0, puis dans la seconde boucle, la colonne 3 dans rep_1, etc.  
   awk -v rep=$repl '{r2=rep+2;print $r2}'  < log.lammps  > rep_$repl
   i=0
   j=0
# cree une boucle dans la boucle
   for a in `cat rep_$repl`
   do
        i=$[i+1]
    j=$[j+3]
        head -$i screen.$repl.temp | tail -1  >> torder.$a
    head -$j ccccd2_H_${repl}_col.bak2 | tail -3 >> ccccd2_H_${a}_temp_col.bak2
   done
done

log.lammps 文件

1 0 1 2
2 1 0 2
3 1 2 0

从第 2 列开始，此文件包含与以下输入关联的数字。这是一个扩展的解释：

第 2 列具有三个值：0、1 和 1； 0 与文件的前三行相关联 ccccd2_H_0_col.bak2，接下来的三行与 1 相关联，最后三行再次与值 1 相关联。

第 3 列也有三个值：1、0 和 2； 1 与文件的前三行相关联 ccccd2_H_1_col.bak2，接下来的三行与 0 相关联，最后三行再次与值 2.

相关联

第 4 栏的内容相同。

现在我想要的是，与 0 值关联的每组三行都放入一个文件中。与值 1 相关联的每组三行进入另一个文件，与值 2 相关联的三行组进入最后一个文件。

输入：

ccccd2_H_0_col.bak2

blank line
N a b c
C d e f

N g h i
C j k l

N m n o
C p q r

ccccd2_H_1_col.bak2

blank line
N s t u
C v w x

N y z a
C b c d

N e f g
C h i j

ccccd2_H_2_col.bak2

blank line
N k l m
C n o p

N q r s
C t u v

N w x y
C z a b

输出： 这些是所需的输出，也是我为简单测试文件得到的输出

ccccd2_H_0_temp_col

blank line
N a b c
C d e f

N y z a
C b c d

N w x y
C z a b

ccccd2_H_1_temp_col

blank line
N g h i
C j k l

N m n o
C p q r

N s t u
C v w x

ccccd2_H_2_temp_col

blank line
N e f g
C h i j

N k l m
C n o p

N q r s
C t u v

这适用于小型测试文件（如此处所示），但不适用于我的真实系统。对于我的真实系统，我有包含 14 行和 10,001 行的 log.lammps 文件，以及包含 121,121 行的输入文件（因此 10,001 * 121 行的块）。它创建的文件比应有的数据大 10 倍。

你能解释一下我的问题吗？我认为这是 linked 到我的包含单行的文件和包含笛卡尔坐标的文件的行号差异，但我真的不明白 link 也不知道解决它的方法。 ..

提前致谢...

Answer 1

我想我明白你现在想做什么，这个 GNU awk 脚本（用于 ARGIND、ENDFILE 和内置的打开文件管理）可以做到：

$ cat ../tst.awk
ARGIND == 1 {
    for (inFileNr=2; inFileNr<=NF; inFileNr++) {
        outFileNrs[inFileNr,NR] = $inFileNr
    }
    next
}
ENDFILE { RS = "" }
{ print ORS [=10=] > ("ccccd2_H_" outFileNrs[ARGIND,FNR] "_temp_col") }

看：

输入：

$ ls
ccccd2_H_0_col.bak2  ccccd2_H_1_col.bak2  ccccd2_H_2_col.bak2  log.lammps

$ cat log.lammps
1 0 1 2
2 1 0 2
3 1 2 0

$ paste ccccd2_H_0_col.bak2 ccccd2_H_1_col.bak2 ccccd2_H_2_col.bak2 | sed 's/\t/\t\t/g'

N a b c         N s t u         N k l m
C d e f         C v w x         C n o p

N g h i         N y z a         N q r s
C j k l         C b c d         C t u v

N m n o         N e f g         N w x y
C p q r         C h i j         C z a b

脚本执行：

$ awk -f ../tst.awk log.lammps ccccd2_H_0_col.bak2 ccccd2_H_1_col.bak2 ccccd2_H_2_col.bak2

输出：

$ ls
ccccd2_H_0_col.bak2  ccccd2_H_1_col.bak2  ccccd2_H_2_col.bak2  log.lammps
ccccd2_H_0_temp_col  ccccd2_H_1_temp_col  ccccd2_H_2_temp_col

$ paste ccccd2_H_0_temp_col ccccd2_H_1_temp_col ccccd2_H_2_temp_col | sed 's/\t/\t\t/g'

N a b c         N g h i         N e f g
C d e f         C j k l         C h i j

N y z a         N m n o         N k l m
C b c d         C p q r         C n o p

N w x y         N s t u         N q r s
C z a b         C v w x         C t u v

处理通过文件交换的数据 BASH

Processing data swapped over files BASH

bash

awk

for-loop

batch-processing