输入所有成对组合的嵌套 for 循环的矢量化

Question

我认为必须回答以下问题或者必须存在一个函数才能做到这一点，但我找不到答案。我有一个嵌套循环，它从一个 3 列中取出一行。数据框并将其复制到其他每一行旁边，以形成一个 6 列。数据框（具有所有可能的组合）。这工作正常，但对于中等大小的数据集（800 行），循环需要很长时间才能完成任务。我将在示例数据集上进行演示：

Sdat <- data.frame(
x = c(10,20,30,40),
y = c(15,25,35,45),
ID =c(1,2,3,4)
)

compar <- data.frame(matrix(nrow=0, ncol=6)) # to contain all combinations

names(compar) <- c("x","y", "ID", "x","y", "ID") 
N <- nrow(Sdat)     # how many different points we have

for (i in 1:N)
{
  for (j in 1:N)   
  {  
   Temp1 <-  Sdat[i,] # data from 1st point
   Temp2 <-  Sdat[j,]  # data from 2nd point
   C <- cbind(Temp1, Temp2)        
   compar <-   rbind(C,compar)
  }
}

这些循环准确地提供了我需要进行进一步分析的输出。关于矢量化此部分的任何建议？

Answer 1

你可以这样做：

ind <- seq_len(nrow(Sdat))
grid <- expand.grid(ind, ind)
compar <- cbind(Sdat[grid[, 1], ], Sdat[grid[, 2], ])

Answer 2

使用 rep 的简单解决方案（假设您对数据帧输出感到满意）：

compar <- data.frame(x = rep(Sdat$x, each = N),
                     y = rep(Sdat$y, each = N),
                     id = rep(1:n, each = N),
                     x1 = rep(Sdat$x, N),
                     y1 = rep(Sdat$y, N),
                     id_1 = rep(1:n, N))

输入所有成对组合的嵌套 for 循环的矢量化

Vectorization of a nested for-loop that inputs all paired combinations

r

vectorization

nested-loops