如何从 R 中各个子文件夹中包含的文件堆叠各个栅格层？

Question

我正在处理栅格图层。我在父文件夹中有 10 个子文件夹。每个子文件夹都包含数百个光栅。我想为每个子文件夹应用一个脚本，并为我的每个子文件夹创建多个堆栈。

#List all my subfolders in my parent folder
list_dirs<- list.dirs(path/parentfolder/, recursive = F) 

for (i in list_dir){

# set the working directory to the subfolder i
setwd(i) 

# List all the files with a certain pattern in the subfolder i
s<- list.files(path=setwd(i), pattern = "cool", recursive=F)

# I do not see how I can create a stack for each of my subfolders here.
#I should have an index i somewhere in the last line.

ss<- stack(s)

}

作为最终输出，我希望有 10 个堆栈对应于我的 10 个子文件夹中的每一个。我是 R 的新手。谢谢！

Answer 1

对于这种事情，您通常应该使用列表。您可以将每个堆栈添加为循环中的列表元素。

stack.list <- list()
for (i in 1:length(list_dirs)){
  s <- list.files(path=list_dirs[i], pattern = "cool", recursive=F, full.names = TRUE)
  stack.list[[i]] <- stack(s)
  }

或者，如果您想跟踪哪个列表元素对应于哪个文件夹，效果会更好一些，您可以使用：

stack.list[[basename(list_dirs)[i]]] <- stack(s)

Answer 2

一个 lapply 选项，如果你愿意，但实际上只是 dww 答案的不同版本：

list_dirs <- list.dirs("path/parentfolder/", recursive = F)

names(list_dirs) <- basename(list_dirs)

raster.list <- lapply(list_dirs, function(dir) {
  stack(list.files(dir, pattern = "cool", full.names = T, recursive = F))
})

如何从 R 中各个子文件夹中包含的文件堆叠各个栅格层？

How to stack individual raster layers from files contained in individual subfolders in R?

directory

loops

r

file

raster