R plot 火迹

Question

刚开始使用 R，非常重视您对这个问题的意见。

我想要实现的是：

X 轴具有 "Timestamp"（从 0 到 9）
Y 轴具有 "NID"（从 0 到 3）
在("Timestamp","NID")的坐标处有"dots"，其中属性"Fired" = 1.

源数据格式如下：

dat = structure(list(TimeStamp = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L), NID = c(0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 0L, 1L, 
2L, 3L, 4L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L), NumberSynapsesTotal = c(2L, 
2L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L, 
3L, 2L, 4L, 2L, 2L, 3L, 2L, 4L), NumberActiveSynapses = c(1L, 
2L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 1L, 2L, 
1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L), Fires = c(1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 
0L, 1L, 0L, 0L)), row.names = c(NA, 25L), class = "data.frame")

我尝试应用过滤器，但它显示了那些 "ID" 的数据子集，其中属性 "Fired" 的值为 1（轴没有所有值）：

dat %>%
filter(dat$Fires == 1) %>%
ggplot(aes(x = dat$TimeStamp[dat$Fires == 1], y = dat$NID[dat$Fires == 1])) +
geom_point()

或者，我使用以下代码获取属性 "Timestamp" 和 "NID" 的所有现有值：

 plot(dat$TimeStamp, dat$NID,
 xlab = "Time", ylab = "Neuron ID")
 title(main = "Fire Trace Plot")

所以图片看起来是这样的：

最后，根据下面的评论，我将代码修改为：

ggplot(dat, aes(x = TimeStamp, y = NID) , xlab = "Time", ylab ="Neuron 
ID") +
geom_blank() +
geom_point(dat = filter(dat) +
#title(main = "Fire Trace Plot")
scale_x_continuous(breaks = F_int_time_breaks(1) )

是不是我应该在一个地块上制作两个图表？谢谢！

Answer 1

对于 ggplot2，永远不要在 aes() 中使用 data$，只需使用列名。同样，filter 等 dplyr 函数不应与 data$ 一起使用 - 他们知道要在数据框中查找该列。

我想你想用完整的数据构建你的 ggplot，所以轴被设置为覆盖完整的数据（我们通过添加一个 geom_blank() 层来强制这样做），它是只有应该是子集的点层：

# create some sample data (it is nice if you provide this in the question)
dat = expand.grid(Timestamp = 0:9, NID = 0:3)
dat$Fires = ifelse(dat$NID == 2, 1, 0)

# make the plot
ggplot(dat, aes(x = Timestamp, y = NID)) +
    geom_blank() +
    geom_point(dat = filter(dat, Fires == 1))

Answer 2

代码应该是这样的（原因见评论）：

F_int_time_breaks<- function(k) {
  step <- k
  function(y) seq(floor(min(y)), ceiling(max(y)), by = step)       
}

ggplot(dat, aes(x = TimeStamp, y = NID) , xlab = "Time", ylab ="Neuron ID") +
  geom_blank() +
  geom_point(dat = subset(dat, Fires == 1)) +
  #title(main = "Fire Trace Plot")
  scale_x_continuous(breaks = F_int_time_breaks(1) )

R plot 火迹

R plot Fire Trace

plot

trace

r

ggplot2