使用 Rcpp 将目标文件 link 转换为函数的简化示例

Question

我现有的 C 代码由三个文件组成：头文件（“.h”文件）、库文件（“.o”文件）和源文件。它们目前在 UNIX 下运行并在 Matlab 中编译 "mex files"。我想使用 Rcpp 将它们移植到 R。它们又长又复杂，所以我做了一个最小的例子来帮助我理解如何将它们移植到 R。

简化的头文件（my_header.h）是：

typedef unsigned int    ui4;
ui4  add_one( ui4 );

简化的 "library" 文件 (my_lib.cpp) 是：

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>

#include "my_header.h"

ui4 add_one(ui4 x) {
        return(x+1);
}

简化后的功能程序(my_program.cpp)为：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include <time.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

#include "my_header.h"

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
ui4 my_program_r () {
//int main (int argc, const char * argv[]) {
//
// As a MATLAB mex file, this function calls "main(..."
//
  ui4 value = add_one( (ui4)1 );
  printf( "%d", value );
  return value;
}

从终端（我在 Mac 上），我可以编译这些而不会出错：

$ g++ my_lib.cpp -c -o my_lib.o
$ g++ my_program.cpp -o my_program my_lib.o

当我尝试在 RStudio 中编译它们时，我得到：

> library(Rcpp)
> sourceCpp( "my_program.cpp" )
Warning message:
In sourceCpp("my_program.cpp") :
  No Rcpp::export attributes or RCPP_MODULE declarations found in source
>

为什么不在 Rcpp 下编译？如何在 "sourceCpp" 命令中指定链接文件（“.o”库文件）？需要指定头文件吗？

Answer 1

sourceCpp 命令仅适用于单个文件。如果你有多个文件，你必须使用一个包：

调用Rcpp::Rcpp.package.skeleton(...)创建骨架包。
将 *.h、*.c 和 *.cpp 复制到 src 文件夹。
呼叫Rcpp::compileAtrributes().
使用R CMD build ...、R CMD check ...和R CMD INSTALL ...构建、检查和编译包。（check 会抱怨未记录的函数...）

有关详细信息，请参阅 Rcpp-package vignette and for example this question。顺便说一句，由于 R 没有 unsigned int 类型，我不确定您的 return 值是否有效。您可能必须切换到 int 或 double。我也收到了与您不同的错误消息：

Error in dyn.load("/tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so") : unable to load shared object '/tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so': /tmp/RtmpSbvXHx/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-0.12.17/sourcecpp_625ad24a943/sourceCpp_2.so: undefined symbol: _Z7add_onej

你确定上面的代码正是你使用的吗？

使用 Rcpp 将目标文件 link 转换为函数的简化示例

Simplified example using Rcpp to link an object file to a function

rcpp