使用 scale_colour_gradient 自定义 ggplot 热图中的颜色

Question

我正在尝试使用 ggplot2 和 scale_colour_gradient 绘制 Pearson 成对相关 heatmap。

这是我的示例数据：

library(dplyr)
library(ggplot2)
set.seed(1)

pairs.mat <- t(combn(1:5,2))
df <- data.frame(sample1=pairs.mat[,1],sample2=pairs.mat[,2]) %>% dplyr::mutate(association=runif(10,0.85,1))

这是我正在尝试的 ggplot2 代码：

heatmap.ggplot <- ggplot(df,aes(sample1,sample2,fill=association))+geom_tile(color="white")+
  scale_colour_gradient(low="gray",high="red",limit=c(min(df$association),1),space="Lab",guide="colourbar")+theme_minimal()+
  theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1,size=12,hjust=1))+coord_fixed()+coord_flip()+labs(colors="Cor")

产生：

我的问题是：

我将范围指定为 low="gray" 和 high="red"，但我得到的是蓝色范围内的元素。我该如何解决？
我似乎无法使用 labs(colors="Cor") 更改图例标题。对此有什么想法吗？

谢谢

Answer 1

你需要scale_fill_gradient.

ggplot(df, aes(sample1, sample2, fill = association)) +
  geom_tile(color = "white") +
  scale_fill_gradient(
    name = "Cor", # changes legend title
    low = "gray",
    high = "red",
    limit = c(min(df$association), 1),
    space = "Lab",
    guide = "colourbar"
  ) + theme_minimal() +
  theme(
    axis.title.x = element_blank(),
    axis.title.y = element_blank(),
    axis.text.x = element_text(
      angle = 45,
      vjust = 1,
      size = 12,
      hjust = 1
    )
  ) + 
coord_fixed() + 
coord_flip()

使用 scale_colour_gradient 自定义 ggplot 热图中的颜色

Customize colors in ggplot heatmap using scale_colour_gradient

r

heatmap

ggplot2