用户在 Rcpp 中编写的函数声明 Header/Namespace

Question

这个问题实际上是对上一个问题的跟进。而且我怀疑通过询问它会有更深入的理解。

错误是

unable to load shared object" in "ParallelExample.so'

我想做的是在 R 包中内部调用 Cpp 函数。为此，我编写了一个头文件并将其添加到 src 目录，并在此头文件中定义了一个名称空间。以下代码出现编译错误：

也就是说，我已经找到了解决这个问题的两种方法。

在头文件中定义函数，而不仅仅是声明它。
在头文件中保留命名空间。

从我对这个主题所做的 cpp 研究来看，在 Rcpp 之外似乎可行且常见（在头文件的命名空间中声明一个函数）。这让我想知道这只是 mac 编译器的问题还是 Rcpp 的一个特性。

首先，cpp文件：

#include <RcppArmadillo.h>
#include "ExampleInternal.h"
// [[Rcpp::export]]
double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

二、Cpp：

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>
#include "ExampleInternal.h"
#include <random>

using namespace RcppParallel;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

最后是一个内部头文件，也在 src 目录中：

#ifndef EXAMPLEINTERNAL_H
#define EXAMPLEINTERNAL_H

#include <RcppArmadillo.h>
#include <Rcpp.h>

namespace ExampleInternal{

double myfunc(arma::vec vec_in);

}

#endif

Answer 1

您声明并调用了一个函数 ExampleInternal::myfunc，但随后在全局命名空间中定义了一个函数 myfunc。这不匹配，我很确定您没有显示的其余错误消息表明 ExampleInternal::myfunc 在 so 文件中找不到。

解决方案：在定义函数时使用相同的命名空间：

#include <RcppArmadillo.h>
#include "ExampleInternal.h"
namespace ExampleInternal {

double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

}

我也删除了导出函数的注释。顺便说一句，不要同时包含 RcppAramdillo.h 和 Rcpp.h.

用户在 Rcpp 中编写的函数声明 Header/Namespace

Function Declaration in user written Header/Namespace in Rcpp

c++

rcpp