R-markdown：python-logging 包似乎是导致问题的原因

Question

我遇到了一个奇怪的问题，我可以找到 python logging 包。让我简短地解释一下我想做什么：目标是用 python 创建 html 报告。我正在使用本地 virtualenv 的 R rmarkdown package which runs python code trough reticulate。

问题：一旦我安装 python logging 包，rmarkdown 在加载 matplotlib 时就会遇到问题。我写了一个小测试脚本来重现这个例子。

我的系统：

Ubuntu 18.04仿生
Python 2.7.15rc1

测试“1”脚本（没有logging）：

创建一个新的 virtualenv (venv)。
使用venv/bin/pip安装matplotlib。
运行 reticulate::import（最后通过 rmarkdown::render）。

测试“2”脚本（logging）：

创建一个新的 virtualenv (venv)。
除了第一个测试：通过venv/bin/pip安装logging。
使用venv/bin/pip安装matplotlib。
运行 reticulate::import（最后通过 rmarkdown::render）。

安装的模块（virtualenv）：

backports.functools-lru-cache 1.5    
cycler                        0.10.0 
kiwisolver                    1.0.1  
logging                       0.4.9.6 <- only for "test 2"
matplotlib                    2.2.3  
numpy                         1.15.1 
pip                           18.0   
pkg-resources                 0.0.0  
pyparsing                     2.2.0  
python-dateutil               2.7.3  
pytz                          2018.5 
setuptools                    40.2.0 
six                           1.11.0 
subprocess32                  3.5.2  
wheel                         0.31.1

系统站点包确实具有相同的模块版本。

结果：来自 test 1（没有 logging） 的所有测试都运行良好。来自 test 2 (with loging) 的测试在使用 virtualenv 时失败。当调用 rmarkdown::render（见下文）时，当使用系统 python 安装（不是 virtualenv）时，它们也工作得很好。

在 virtualenv 中安装 logging 时，reticulate 似乎有些奇怪。

测试脚本的输出（见下文）:

包含错误的完整输出：

 ----------- no logging package installed ------------
Module(matplotlib)
Module(matplotlib)
 --------- with logging package installed ------------
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'NullHandler'

Detailed traceback: 
  File "/home/retos/Downloads/venvtest/venv/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 168, in <module>
    _log.addHandler(logging.NullHandler())
Calls: <Anonymous> -> py_module_import -> .Call
Execution halted
Module(matplotlib)

输出的Module(matplotlib)是通过reticulate::import加载模块成功的信息。正如人们所看到的，只有一个测试失败，其中 virtualenv 与安装的 logging python 模块一起使用。

有人知道什么会导致这些问题吗？我花了很多时间来确定错误的来源，但我现在有点迷路了......

重现错误的测试脚本:

这里有一个小的 bash/shell 脚本来重现我的测试。

#!/bin/bash
# New virtual environment and install matplotlib
echo " ----------- no logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv &>/dev/null > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

# New virtual environment and install logging and matplotlib
echo " --------- with logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv > /dev/null
venv/bin/pip install logging > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

我最初以为它与问题“”有关，但那里的解决方案没有用。

提前致谢！ R

Answer 1

记录 became 2.3 版 Python 库中包含的标准模块。你不能从 PyPI 安装它。尽快删除它：

pip uninstall logging

R-markdown：python-logging 包似乎是导致问题的原因

R-markdown: the python-logging package seems to cause the problem

python

virtualenv

r-markdown