Rcpp

Question

此问题与 previous one 有关在 Rcpp 的函数内调用函数的问题。

我需要以类似于 rnorm() 或 rbinom() 的方式从自定义分布中生成大量随机抽取，但额外的复杂性是我的函数会生成向量输出。

作为解决方案，我考虑过定义一个从自定义分布生成观察值的函数，然后定义一个主函数，该函数通过 for 循环从生成函数中提取 n 次。下面是代码的简化工作版本：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// generating function
NumericVector gen(NumericVector A, NumericVector B){
  NumericVector out = no_init_vector(2); 
  out[0] = R::runif(A[0],A[1]) + R::runif(B[0],B[1]);
  out[1] = R::runif(A[0],A[1]) - R::runif(B[0],B[1]);
  return out;
}

// [[Rcpp::export]]
// draw n observations
NumericVector rdraw(int n, NumericVector A, NumericVector B){
  NumericMatrix out = no_init_matrix(n, 2);
  for (int i = 0; i < n; ++i) {
    out(i,_) = gen(A, B); 
  }
  return out;
}

我正在寻找加快抽签速度的方法。我的问题是：是否有比 for 循环更有效的替代方法？在这种情况下，并行化会有帮助吗？

感谢您的帮助！

Answer 1

有不同的方法可以加快速度：

在 gen() 上使用 inline，减少函数调用次数。
使用 Rcpp::runif 而不是带有 R::runif 的循环来删除更多的函数调用。
使用允许并行执行的更快的 RNG。

此处第 1 点和第 2 点：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// generating function
inline NumericVector gen(NumericVector A, NumericVector B){
  NumericVector out = no_init_vector(2); 
  out[0] = R::runif(A[0],A[1]) + R::runif(B[0],B[1]);
  out[1] = R::runif(A[0],A[1]) - R::runif(B[0],B[1]);
  return out;
}

// [[Rcpp::export]]
// draw n observations
NumericVector rdraw(int n, NumericVector A, NumericVector B){
  NumericMatrix out = no_init_matrix(n, 2);
  for (int i = 0; i < n; ++i) {
    out(i,_) = gen(A, B); 
  }
  return out;
}

// [[Rcpp::export]]
// draw n observations
NumericVector rdraw2(int n, NumericVector A, NumericVector B){
  NumericMatrix out = no_init_matrix(n, 2);
  out(_, 0) = Rcpp::runif(n, A[0],A[1]) + Rcpp::runif(n, B[0],B[1]);
  out(_, 1) = Rcpp::runif(n, A[0],A[1]) - Rcpp::runif(n, B[0],B[1]);
  return out;
}

/*** R
set.seed(42)
system.time(rdraw(1e7, c(0,2), c(1,3)))
system.time(rdraw2(1e7, c(0,2), c(1,3)))
*/

结果：

> set.seed(42)

> system.time(rdraw(1e7, c(0,2), c(1,3)))
   user  system elapsed 
  1.576   0.034   1.610 

> system.time(rdraw2(1e7, c(0,2), c(1,3)))
   user  system elapsed 
  0.458   0.139   0.598

相比之下，您的原始代码进行 10^7 次绘制大约需要 1.8 秒。对于第 3 点。我正在改编 parallel vignette of my dqrng 包中的代码：

#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::depends(dqrng)]]
#include <xoshiro.h>
#include <dqrng_distribution.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
#include <omp.h>
// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <RcppParallel.h>
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericMatrix rdraw3(int n, Rcpp::NumericVector A, Rcpp::NumericVector B, int seed, int ncores) {
  dqrng::uniform_distribution distA(A(0), A(1));
  dqrng::uniform_distribution distB(B(0), B(1));
  dqrng::xoshiro256plus rng(seed);
  Rcpp::NumericMatrix res = Rcpp::no_init_matrix(n, 2);
  RcppParallel::RMatrix<double> output(res);

  #pragma omp parallel num_threads(ncores)
  {
  dqrng::xoshiro256plus lrng(rng);      // make thread local copy of rng 
  lrng.jump(omp_get_thread_num() + 1);  // advance rng by 1 ... ncores jumps 
  auto genA = std::bind(distA, std::ref(lrng));
  auto genB = std::bind(distB, std::ref(lrng));      

  #pragma omp for
  for (int i = 0; i < n; ++i) {
    output(i, 0) = genA() + genB();
    output(i, 1) = genA() - genB();
  }
  }
  return res;
}

/*** R
system.time(rdraw3(1e7, c(0,2), c(1,3), 42, 2))
*/

结果：

> system.time(rdraw3(1e7, c(0,2), c(1,3), 42, 2))
   user  system elapsed 
  0.276   0.025   0.151

因此，通过更快的 RNG 和适度的并行性，我们可以在执行时间上获得一个数量级。当然，结果会有所不同，但汇总统计数据应该是相同的。

Rcpp - 从自定义分布生成多个随机观察

Rcpp - generate multiple random observations from custom distribution

random

r