根据最小距离将点分配给组

Question

我正在尝试根据欧氏距离将点分配到分组中。例如，在下面的数据中，有三个点代表三个不同的组（One, Two, Three，图中的非绿色点）。我想根据最小欧氏距离（即将 Scatter 更改为最接近的 One Two 将剩余的点（Scatter 绿点）分配到一个分组中或 Three 点。

我试图在 kmeans 或其他聚类函数之外执行此操作，并且只是使用最小欧几里得距离，但欢迎并感谢您的建议。

set.seed(123)
Data <- data.frame(
  x = c(c(3,5,8), runif(20, 1, 10)),
  y = c(c(3,5,8), runif(20, 1, 10)),
  Group = c(c("One", "Two", "Three"), rep("Scatter", 20))
)

ggplot(Data, aes(x, y, color = Group)) +
  geom_point(size = 3) +
  theme_bw()

Answer 1

像这样的事情怎么样：

bind_cols(
    Data,
    dist(Data %>% select(-Group)) %>%              # Get x/y coordinates from Data
        as.matrix() %>%                            # Convert to full matrix
        as.data.frame() %>%                        # Convert to data.frame
        select(1:3) %>%                            # We're only interested in dist to 1,2,3
        rowid_to_column("pt") %>%                  
        gather(k, v, -pt) %>%
        group_by(pt) %>%
        summarise(k = k[which.min(v)])) %>%        # Select label with min dist
    mutate(Group = factor(Group, levels = unique(Data$Group))) %>%
    ggplot(aes(x, y, colour = k, shape = Group)) +
    geom_point(size = 3)

说明：我们使用 One、Two、Three 和所有 Scatter 点之间的 dist 计算所有成对欧几里得距离。然后我们根据每个 Scatter 点到 One (k = 1), Two (k = 2), Three (k = 3).

请注意，(9.6, 3.1) 处的 Scatter 点确实正确 "classified" 属于 Two (k = 2)；您可以通过在 ggplot 情节链中添加 coord_fixed() 来确认这一点。

根据最小距离将点分配给组

Assign points to a group based on minimum distance

r

distance

ggplot2

k-means