尽管输出文件已经存在,但 Snakemake 想要 运行 作业
Snakemake wants to run job although output file already exists
我有一个工作流程,首先从 public 数据库下载文件,然后在后续步骤中处理这些文件以创建多个聚合数据表。
我正在一台没有互联网连接的机器上测试工作流程。我 运行 在另一台机器上进行初步数据下载步骤并将它们复制到这台机器上,现在我正在尝试 运行 其余的工作流程。当我 运行 snakemake -np
它报告所有数据下载作业仍需要完成,即使目标文件已经存在。我什至在后续处理规则中将这些文件标记为ancient()
,但这无济于事。
我怎样才能让蛇神相信这些工作不需要重新运行?
标记 --reason
prints the reason for each executed rule.
我有一个工作流程,首先从 public 数据库下载文件,然后在后续步骤中处理这些文件以创建多个聚合数据表。
我正在一台没有互联网连接的机器上测试工作流程。我 运行 在另一台机器上进行初步数据下载步骤并将它们复制到这台机器上,现在我正在尝试 运行 其余的工作流程。当我 运行 snakemake -np
它报告所有数据下载作业仍需要完成,即使目标文件已经存在。我什至在后续处理规则中将这些文件标记为ancient()
,但这无济于事。
我怎样才能让蛇神相信这些工作不需要重新运行?
标记 --reason
prints the reason for each executed rule.