AWK打印字符串+bash变量+字符串的组合

Question

我正在尝试使用 awk 将 fasta 文件中的重叠群重命名为隔离 ID 并将重叠群从 1 编号为 n。

法斯塔文件：

  >NODE_1_length_172477_cov_46.1343
  GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
  TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
  CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

隔离 ID 是一个变量，因为我想为多个文件执行此操作。我已经达到打印 isolateIDnumber 的程度，但我需要 >isolateID_number

    for file in /dir/*.fasta
    do
        name=$(basename "$file" .fasta)
        awk '/^>/{print "'"$name"'" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
    done;

这给了我：

 15AR07771
 GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
 TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
 CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

期望的输出：

 >15AR0777_1
 GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
 TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
 CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

问题是，我应该把字符串放在哪里才能打印 >15AR0777_1 而不是 15AR07771

我尝试了以下几种变体，但 none 奏效了

  awk '/^>/{print ">'"$name"'" "_" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
  awk '/^>/{print ">'"$name"'" _++i; next}{print}' $file > rename.fasta

谢谢！

Answer 1

使用 awk -v awk_var="$bash_bar" 将 shell 变量传输到 awk 脚本中。 man awk:

-v var=val
--assign var=val
       Assign the value val to the variable var, before execution of the program begins.  Such variable values are available to the
       BEGIN rule of an AWK program.

即：

for file in dir/*.fasta
do         
    name=$(basename "$file" .fasta)
    awk -v name="$name" '/^>/{print ">" name "_" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
done

这是它的全 awk 版本：

awk '
FNR==1 {                         # new file, close old and make name for new
    close(f)                     # close the old output file
    n=FILENAME                   # get filename of the new file
    gsub(/^.*\/|\.fasta$/,"",n)  # remove path and .fasta
    f="rename_" n ".fasta"       # new output file
}
/^>/ {
    [=12=]=">" n "_" ++i             # >name_number
}
{
    print > f                    # print to output file
}' dir/*.fasta                   # process .fasta files in dir

如果有文件 dir/15AR07771.fasta，脚本将生成它的文件 ./rename_15AR07771.fasta。（您的版本将所有输出文件写入 rename.fasta，甚至不追加，您可能需要修复它。）

AWK打印字符串+bash变量+字符串的组合

AWK print combination of string+bash variable+string

awk

fasta