如何使用 R 为没有数据点的列插入占位符？

Question

我进行了几个实验，并使用我们的软件进行了分析。如果软件能够分析图像，该软件会为每个实验生成一个单独的文件夹，其中包含一个名为 "DistList" 的 .txt 文件。如果它不能这样做，则没有 .txt 文件。一般来说，文件夹排列是这样的，如果有DistList:

为了将所有这些 .txt 文件放在一起，我已经制作了一个 R 脚本：

setwd("~/Desktop/Results/.")

fileList <- list.files(path = ".", recursive = TRUE, pattern = "DistList.txt", full.names = TRUE)

listData <- lapply(fileList, read.table)

names(listData) <- basename(dirname(fileList))

library(tidyverse)
library(reshape2)

bind_rows(listData, .id = "FileName") %>%
  group_by(FileName) %>%
  mutate(rowNum = row_number()) %>%
  dcast(rowNum~FileName, value.var = "V1") %>%
  select(-rowNum) %>%
  write.csv(file="Result.csv")

在这种形式下，它现在生成具有以下结构的文档，因为 A03 和 A04 中没有 DistList.txt：

A01    A02    A05
103    118    558
225    545    779
228    666    898
553    1002   1883
966    2004   NA
1112   3332   NA
NA     4556   NA
NA     5596   NA
NA     6639   NA

但是，我想要一个列表，其中不包含 DistList.txt 文档的文件夹也在生成的 .csv 文件中列出，例如：

A01    A02    A03   A04   A05
103    118    NA    NA    558
225    545    NA    NA    779
228    666    NA    NA    898
553    1002   NA    NA    1883
966    2004   NA    NA    NA
1112   3332   NA    NA    NA
NA     4556   NA    NA    NA
NA     5596   NA    NA    NA
NA     6639   NA    NA    NA

但我不知道，我必须如何修改我的脚本才能生成这样的列表。如果我只进行很少的实验，那没问题。但在我的例子中，有数百个这样的列，如果有任何遗漏，手动验证将花费太多时间。

如果你能帮我解决这个问题，我将不胜感激！

Answer 1

最简单的做法是修改前两行，即文件列表和加载：

fileList = file.path(dir(path = ".", pattern = "A\d+", full.names = TRUE), "DistList.txt")

这会生成所有文件夹的文件列表，即使相应的 DistList.txt 文件不存在。接下来，如果它们存在，我们加载它们，否则我们只是 return 一个包含单个 NA 的 tibble（不要忘记在执行此函数之前加载 ‹tibble› 包）：

load_if_exists = function (filename, ...) {
    tryCatch(
        suppressWarnings(read.table(filename, ...)),
        error = function (x) tibble(NA)
    )
}

listData = lapply(fileList, load_if_exists)

请注意 load_if_exists 使用 tryCatch 而不是依赖 file.exists。这在您的情况下可能并不重要，但通常您不能依赖文件存在性检查，因为文件系统未同步，即 理论上 即使先前的文件存在性检查，读取文件也可能失败成功了。 tryError 因此在这种情况下更加稳健。

不幸的是，在 read.table 内部调用的 file 函数会愚蠢地为不存在的文件创建一个警告 除了错误 之外；我们在上面的代码中明确禁止显示此警告。

如何使用 R 为没有数据点的列插入占位符？

How to insert placeholders for columns without data points using R?

csv

r

list

missing-data

dataframe