如何在 biclust 热图中显示行名和列名？

Question

我已经使用以下代码在 biclust 包中绘制了热图，但我找不到任何用于添加行和列名称的选项。

library(biclust)
set.seed(1234)
data(BicatYeast)
resplaid <- biclust(BicatYeast, BCBimax(), verbose = FALSE)
heatmapBC(x = BicatYeast, bicResult = resplaid)

如何绘制它们？

Answer 1

这是一个解决方案。查看 heatmapBC 函数，您会看到轴默认设置为 FALSE！您可以使用 axis 命令将标签放在热图的行和列中。我使用了 BicatYeast 数据的子集版本来使绘图更清晰

 library(biclust)
 set.seed(1234)
 data(BicatYeast)
 d <- as.matrix(BicatYeast)[1:30, 1:20]; d
 resplaid <- biclust(d, BCBimax())
 par(mar=c(10, 6, 2, 2) + 0.1)
 heatmapBC(x = d, bicResult = resplaid, axes = F, xlab = "", ylab = "")
 axis(1, at=1:dim(d)[2], labels = colnames(d), las=2)
 axis(2, at=1:dim(d)[1], labels = rownames(d), las=2)

如何在 biclust 热图中显示行名和列名？

How to show row and column names in biclust heatmap?

r

heatmap