使用 pdf2tiff 自动将一组金字塔平铺图像转换为一组大 tiff 的脚本（python、applescript、bash）？

Question

我觉得这应该是一个非常简单的解决方案，但我似乎仍然无法让它发挥作用。

我有数百个（更多！）组织病理学病例的大型金字塔平铺图像创建了一个 hammamatsu 扫描仪，它以 NDPI 格式输出图像，也称为全幻灯片成像 (WSI)。在名为 NdpiTools 的包中已经有一个名为 ndpi2tiff 的工具，它完成了困难的部分。它将分析一个 ndpi 文件 (XYZ.ndpi) 并创建一个新的 tiff 文件 (XYZ.tif)。遗憾的是，您不能使用 *.ndpi 通配符参数而只能批量转换所有文件。将它们一一转换是不切实际的。我弄乱了 applescript（在 Mac 上，但安装了 python）并且只在没有输入被定向到 ndpi2tiff 或者它会尝试对 directory/folder 采取行动时出现错误而不是其中的文件。

用法是：ndpi2tiff -options [image2convert.ndpi]

位于 /usr/local/bin

https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/

有什么建议吗？

Answer 1

您可以在命令行中使用 find 和 -exec (bash):

find . -name '*.ndpi' -exec ndpi2tiff -options {} \;

您可以使用任何您喜欢的选项（替换 -options）。

Answer 2

A Bash for 循环也可以完成这项工作：

#!/bin/sh

cd /PATH/TO/YOUR/IMAGES

for filename in `ls *.ndpi`; do
    ndpi2tiff "$filename"
done

不是最直观的语言，但它有其用途。

使用 pdf2tiff 自动将一组金字塔平铺图像转换为一组大 tiff 的脚本（python、applescript、bash）？

Script (python, applescript, bash) to automaticlly convert a set of pyramidal tiled image INTO a set of large tiffs using ndpi2tiff?

python

bash

applescript