R函数循环两次？

Question

我写了一个循环，它输入几个文本文件，对每个文件执行一些函数并将它们组合起来。我已将其复制到下方并为每一行添加了注释。但是，i 中的第一个文件被读入（并添加到我的最终 table 中）两次！此外，期待简化此循环。

source_files<-list.files(pattern="_output.txt") # This line finds all file ending with .txt

上面的

source_files 列出了要在下面的循环中输入的适当文件。

for (i in source_files){
    if (!exists("final_table")){
        df_import<-read.table(i, header=FALSE, sep="\t") # reads in each file
        names<-unlist(strsplit(i,"_")) # reformats input file name and parses to 'names'
        df_import$Sample<-names[1] # replaces col[1] header with first part of file name
        df_import$DB<-names[2] # replaces col[1] header with first part of file name
        final_table<-df_import # creates the final table data frame
        rm(df_import) # remove excess df
        }
    if (exists("final_table")){
        df_import<-read.table(i, header=FALSE, sep="\t") # reads in each file
        names<-unlist(strsplit(i,"_")) # reformats input file name and parses to 'names'
        df_import$Sample<-names[1] # replaces col[1] header with first part of file name
        df_import$DB<-names[2] # replaces col[1] header with first part of file name
        final_table <-rbind(final_table, df_import) # Adds to existing final table
        rm(df_import)   
    }
}

这个循环运行良好，除了 final_table 有重复 - 有什么建议吗？

Answer 1

那么，您测试 table 是否存在于第一个 if 中，如果不存在，则创建它并向其添加一行。因此，当您到达第二个 if 时，table 确实存在，但它会再次添加该行。与其使用两个 if 语句，不如使用一个 if/else。也可能只是将 final_table <-... 行移到 if 中并将其他行移出，这样你就没有那么多重复的代码。

也许

for (i in source_files){
    df_import<-read.table(i, header=FALSE, sep="\t") # reads in each file
    names<-unlist(strsplit(i,"_")) # reformats input file name and parses to 'names'
    df_import$Sample<-names[1] # replaces col[1] header with first part of file name
    df_import$DB<-names[2] # replaces col[1] header with first part of file name
    if (!exists("final_table")){
        final_table<-df_import # creates the final table data frame
    } else {
        final_table <-rbind(final_table, df_import) # Adds to existing final table
    }
    rm(df_import) # remove excess df
}

那些有更好的方法来做到这一点，而不是每次循环和 rbinding。看到这个答案：What's wrong with my function to load multiple .csv files into single dataframe in R using rbind?

Answer 2

我会采取稍微不同的方法。您的 if() 块中的唯一区别似乎是您对 final_table 所做的事情。我可能会按照这些思路做一些事情：

#This mimics your list.files() call
list_of_files <- list(mtcars, mtcars, mtcars)

#put the guts of your code inside a function
process_file <- function(file) {
  #your stuff goes here - I'm just going to add a random variable named foo      
  file$foo <- rnorm(nrow(file))
  return(file)
}
#use lapply to iterate over your list of files and do.call to bind them together
output <- do.call("rbind", lapply(list_of_files, process_file))

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2019-01-07 创建

R函数循环两次？

R function loops twice?

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