使用 PHP 解析 fasta 文件

Question

我有一个 fasta 文件 input.fa 看起来像这样：

>KJH325_Org_name_strain
ANNTTHWQLPMCVREEDFSC
>IJA254.1_Org_name
HITYYPQLKSSCMART
>ASDL658_Org_name_str
TTILPQWYERSAASMNCFGHDKLCC
and so on.

我想使用 PHP 将这些短序列输入到 Mysql table 中，这样 KJH325（即第一个下划线 '_' 之后的 ID ) 进入 ID 列，其余 Org_name or Org_name_strain 进入 orgname 列，下一行中的短序列进入 sequence 列。我试过这个：

<?php
$servername = "localhost";
$dbname = "shortseqdb";

// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";

$fasta_file = 'input.fa';
$header='';
$id = '';
$org_name = '';

$lines = file($fasta_file) or die("Unable to open file!");

foreach ($lines as $line) {
   $header = strpos($line, '>'); <---- UPDATED
   if ($header!==false) {
      $key = trim(substr($line, 0, $header));
      $value = trim(substr($line, $header+1));
        list($id, $org_name) = explode("_",$key);


            $sql = "INSERT INTO `seqs` (`ID`, `org_name`, `sequence`) VALUES ($id, $org_name, $value)";
    }
}

if (mysqli_query($conn, $sql)) {
    echo "Values inserted successfully in the table seqs\n";
} else {
    echo "Error inserting values: " . mysqli_error($conn);
}
mysqli_close($conn);

?>

连接成功，但出现以下错误：

Connected successfully

Notice: Undefined offset: 1 in C:\xampp\htdocs\test.php on line 26

Error inserting values: No database selected

谁能帮我看看这个脚本哪里错了？谢谢！

Answer 1

我发现问题出在用户名和密码上。我查看了同一数据库中 XAMPP 的权限，结果发现我还必须指定用户名和密码。

$servername = "localhost";
$username = "root";
$password = "";
$dbname = "shortseqdb";
// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";
// select a db
mysqli_select_db($conn,"shortseqdb") or die("Could not select the specified database");

并用mysqli_db_connect($connect,dbname)到select指定的数据库。然后完美运行。

感谢您的评论。

使用 PHP 解析 fasta 文件

Parse a fasta file using PHP

php

parsing

mysqli

fasta