Python：使用 numpy 或 scipy 读取 Fortran 二进制文件

Question

我正在尝试读取一个 Fortran 文件，其中 headers 作为整数，然后将实际数据作为 32 位浮点数。使用 numpy 的 fromfile('mydatafile', dtype=np.float32) 它将整个文件读取为 float32，但我需要 headers 在 int32 中作为我的输出文件。使用 scipy 的 FortranFile，它读取 headers：

f = FortranFile('mydatafile', 'r')
headers = f.read_ints(dtype=np.int32)

但当我这样做时：

data = f.read_reals(dtype=np.float32)

它 returns 一个空数组。我知道它不应该为空，因为它使用 numpy 的 fromfile 读取所有数据。奇怪的是 scipy 方法适用于我数据集中的其他文件，但不适用于这个文件。也许我不理解这两种读取方法与 numpy 和 scipy 之间的区别。在使用任一方法读取文件时，有没有办法隔离 headers (dtype=np.int32) 和数据 (dtype=np.float32)？

Answer 1

np.fromfile 采用 "count" 参数，指定要读取的项目数。如果您事先知道 header 中的整数个数，那么无需任何类型转换即可执行所需操作的简单方法就是将 header 读取为整数，然后读取文件的其余部分作为浮动：

with open('filepath','r') as f:
    header = np.fromfile(f, dtype=np.int, count=number_of_integers)
    data = np.fromfile(f, dtype=np.float32)

Answer 2

@DavidTrevelyan 有一个很好的方法。另一种方法是结合使用 fortranfile 包和 struct。这两种方式都不是理想的，但 scipy 的 FortranFile.

也不是

至少这样你可以读取混合类型的数据。这是一个例子：

from fortranfile import FortranFile
from struct import unpack

with FortranFile(to_open) as fh:
    dat = fh.readRecord()
    val_list = unpack('=4i20d'.format(ln), dat)

您可以使用 pip install fortranfile 安装它。 struct 是标准的，(un)pack 格式是 here.

Python：使用 numpy 或 scipy 读取 Fortran 二进制文件

Python: Reading Fortran Binary file using numpy or scipy

python

numpy

scipy