与在 RStudio 中使用 saveRDS 相关的计时问题

Question

在执行循环之前调用 saveRDS 会导致循环时序不一致。这仅在使用 RStudio 时很明显；当运行从命令行使用 Rscript 的相同脚本时，该问题不存在。这可能是 RStudio 中 I/O 刷新延迟的结果。

其他人是否注意到这种行为？
有没有办法在调用 saveRDS 后强制 I/O 刷新？

在 Ubuntu 18.04LTS 64 位上使用 RStudio 1.1.463、R 3.5.2。

我通过在代码执行之前调用 gc() 并使用 gcinfo 启用 gc 消息以确保没有触发 gc 来消除垃圾收集器这个问题。我还尝试用 cmpfun 预编译函数；这也无济于事。

以下代码可用于重现该问题。

loop.test <- function() {
  t <- c()
  t0 <- Sys.time()
  for (i in 1:10) {
    t <- c(t, Sys.time() - t0)
    Sys.sleep(0.01)
  }

  dt <- round(1000 * diff(t), 1)
  print(dt)
  print(summary(dt))
}

saveRDS(1:10, 'garb.rds')

loop.test()

代码将产生以下输出（以毫秒为单位的循环时间）：

[1]  10.1  10.1  10.2  10.2 275.4  10.2  10.1  10.2  10.2

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
  10.10   10.10   10.20   39.63   10.20  275.40

请注意，大延迟不会总是出现在同一次迭代中。

删除代码中的 saveRDS 调用将始终产生一致的（接近 10 毫秒）循环时间。

运行来自命令行的代码通过 Rscript 将在有和没有 saveRDS 行的情况下工作。

Answer 1

以下是 RStudio 人员的回复：

一种可能性：RStudio 在 R "idle" 期间做一些后台工作（即：当 R 调用 R_ProcessEvents 时），我认为项目文件索引就是其中之一。 RStudio 为这些任务注册文件监视器，因此创建文件可能会导致 RStudio 在幕后执行一些重新索引工作。

我确认将 saveRDS() 调用中的保存目录更改为项目目录之外可以解决计时问题。所以我认为这支持文件索引理论。 RStudio v1.2 预览版在较小程度上展示了这种行为，因此空闲处理实现中可能发生了一些变化，但我没有这方面的更多信息。 RStudio 人员打开了一个错误报告来解决这个问题，希望很快就能得到修复。

所以现在，一些解决方法是：

在调用 saveRDS() 以允许重新索引操作发生后，以足够的延迟调用 Sys.sleep()。
将 saveRDS() 指向当前项目目录之外的文件以防止重新索引。

与在 RStudio 中使用 saveRDS 相关的计时问题

Timing issue related to using saveRDS in RStudio

r

rstudio