docker 图片中的 RStudio 不处理某些库

RStudio in docker image does not deal with some librairies

我在使用 docker rstudio-image rocker/rstudio 时遇到问题 在 https://www.rocker-project.org/ 上(docker R 容器)。由于我是 docker 和 RStudio 的初学者,我怀疑问题出在我身上,不值得提交错误报告:

我不知道 xml2 是否在图像上,但文件 libxml-2.0.pc 确实存在于我笔记本电脑的目录 /opt/local/lib/pkgconfig 中,而 pkg-config/opt/local/bin。所以我尝试在 运行ning 时链接这些 pkg 路径 图像(看看当我玩图像环境时会发生什么 在 RStudio 中),将选项 -v /opt/local/lib/pkgconfig:/home/rstudio/lib/pkgconfig -v /opt/local/bin:/home/rstudio/bin 添加到 运行 命令。但它不起作用:出于某种原因 我在 RStudio 中没有看到 lib/pkgconfig 的内容...

而且 RStudio 实例不接受 root/sudo 命令所以我不能 在RStudio终端

中使用apt-get等工具

所以,有什么诀窍?

您笔记本电脑上的库(docker 的主机)不适用于 docker 容器。您应该使用所需的库创建一个自定义图像,创建一个 Dockerfile 像这样:

FROM rocker/rstudio

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
    libxml2-dev # add any additional libraries you need

CMD ["/init"]

上面我添加了 libxml2-dev 但您可以根据需要添加任意数量的库。

然后使用此命令构建您的映像(您需要在您创建的目录中执行以下命令 Dockerfile):

docker build -t my_rstudio:0.1 .

然后你就可以启动你的容器了:

docker run -d -p 8787:8787 -e DISABLE_AUTH=true --name rstudio my_rstudio:0.1

(您可以在上面添加任何其他参数,例如 -v)。