R - ggplot2 geom_tile 创建与热图不同的图形

Question

我想为一些数据集绘制热图。最初，我使用了热图函数，结果令人满意。然而，由于我所有其他图表都是使用 ggplot2 完成的，所以我也尝试使用 ggplot2 来完成。然而，我得到了奇怪的图表，我不确定是什么原因。

我得到如下数据集：

 > dput(B)
 structure(list(`2001` = c(510, 15, 14, 9, 8, 11, 7, 5, -1, -3),
 `2002` = c(397, -13, 5, 6, 12, -1, 0, 2, 5, 3), 
 `2003` = c(323, -6, -2, 1, 0, 6, -5, -2, 1, 4), 
 `2004` = c(133, -2, 2, -4, 0, 5, 8, -2, 0, 1), 
 `2005` = c(-100, -8, -6, -2, 1, 2, 2, 3, -6, -5), 
 `2006` = c(-114, -7, 2, -4, -2, 0, 1, 2, 4, -3), 
 `2007` = c(-130,-13, 0, 4, -3, -2, -1, 1, 2, 4), 
 `2008` = c(-38, -10, 4, 0, 3, 4, 2, 0, 0, 1), 
 `2009` = c(-194, -13, -5, -4, -3, -1, 0, 1, 1, 1), 
 `2010` = c(-202, -6, 0, -1, -5, -2, -3, -1, 2, -2)), 
 row.names = 0:9, class = "data.frame")

正在使用，

> heatmap(as.matrix(B), Colv = NA, Rowv = NA, col = cm.colors(10))

我得到了下面的热图，看起来很合理。

另一方面，

C <- B
C$size <- row.names(C)
C <- melt(C, variable.name="year",id=c("size"))
ggplot(data = C) +                  
   geom_tile(aes(x = year, y = size, fill = value)) +
   scale_fill_gradientn(colors=cm.colors(10))

我得到以下内容

这是为什么？我怎样才能更正这个，使我得到一个类似于第一个的情节？

Answer 1

问题是 size = 0 的数量比其他条目大得多。所以第二个热图是正确的，因为相对于给定的比例，其余值非常接近于零。我会说第二个实际上是正确的，因为您可以看到 size = 0 之外的数字大致相同，尤其是第一行中的大数字。我不太确定热图是如何工作的，它不提供比例，但我认为第二张图有意义，给出了第一行之外的低可变性。

Answer 2

在热图中应用了缩放。因此，您需要缩放数据（在本例中根据 size）以重现类似的内容，例如：

C2 <- C %>% group_by(size) %>% mutate(rescale = scale(value))

ggplot(data = C2) +                  
  geom_tile(aes(x = year, y = size, fill = rescale)) +
  scale_fill_gradientn(colors=cm.colors(10))

还有其他选项，具体取决于您想要可视化的内容。例如，查看 scale_fill_gradientn 中的 limits 和 values。

R - ggplot2 geom_tile 创建与热图不同的图形

R - ggplot2 geom_tile creates way different graph to heatmap

plot

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heatmap

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