R中数据帧和数据帧列表之间的相关性

Question

我想计算数据帧和数据帧列表之间的相关性。这是我的样本：

library(lubridate)
v1 = seq(ymd('2000-05-01'),ymd('2000-05-10'),by='day')
v2 = seq(2,20, length = 10)
v3 = seq(-2,7, length = 10)
v4 = seq(-6,3, length = 10)

df1 = data.frame(Date = v1, Tmax = v2, Tmean = v3, Tmin = v4)

v1 = seq(ymd('2000-05-01'),ymd('2000-05-10'),by='day')
v2 = seq(3,21, length = 10)
v3 = seq(-3,8, length = 10)
v4 = seq(-7,4, length = 10)

abc = data.frame(Date = v1, ABC_Tmax = v2, ABC_Tmean = v3, ABC_Tmin = v4)

v1 = seq(ymd('2000-05-01'),ymd('2000-05-10'),by='day')
v2 = seq(4,22, length = 10)
v3 = seq(-4,9, length = 10)
v4 = seq(-8,5, length = 10)

def = data.frame(Date = v1, DEF_Tmax = v2, DEF_Tmean = v3, DEF_Tmin = v4)

v1 = seq(ymd('2000-05-01'),ymd('2000-05-10'),by='day')
v2 = seq(2,20, length = 10)
v3 = seq(-2,8, length = 10)
v4 = seq(-6,3, length = 10)

ghi = data.frame(Date = v1, GHI_Tmax = v2, GHI_Tmean = v3, GHI_Tmin = v4)

df2 <-list(abc, def, ghi)

names(df2) = c("ABC", "DEF", "GHI")

我想要 df1 和 df2 之间的所有相关系数，但只是按列。

例如：

df1$Tmax 和所有 df2*Tmax 列
df1$Tmean 和所有 df2*Tmean 列
df1$Tmin 和所有 df2*Tmin 列

我知道我可以像这样访问所有 Tmax 列：

lapply(df2, "[[", 2)

我知道如何计算两个单值之间的相关性：

cor.test(df1$Tmax, df2$ABC$ABC_Tmax, method = "spearman")

但是我怎样才能一次对所有列执行此操作？我试过这个，但不起作用：

cor.test(df1$Tmax, lapply(df2, "[[", 2), method = "spearman")

有什么想法吗？

Answer 1

您可以结合使用 lapply 和 mapply 来应用 cor.test 并从测试中提取特定值。例如，要获得 p.value 和 estimate 我们可以做

lapply(2:4, function(i)  mapply(function(x, y) {
       a <- cor.test(x, y, method = "spearman")
       c(setNames(a$p.value, "pvalue"), a$estimate)
}, lapply(df2, "[[", i), df1[i]))

R中数据帧和数据帧列表之间的相关性

Correlations between dataframe and list of dataframes in R

r

list

lapply

correlation

dataframe