如何调整热图的轴？

Question

我正在使用 Jaccard 系数来识别人与人之间的异同。

但是我在表示系数（0 - 不相似，1 相似）时遇到了困难。

另外，当我想通过我的数据结构时，我收到以下错误：

dput(head, m) 错误：'file' 必须是字符串或连接

要创建热图，我使用以下代码：

heatmap(m, Colv = NA, Rowv = NA, 
        scale = "none", 
        xlab = "Identification Numbers",
        ylab = "Identification Numbers")

当仅使用 12 个案例的部分数据时，我收到以下图表

如果我增加热图轴难以读取的情况。

如何调整轴以每 10 个案例显示一次？

另外，如何向热图中添加图例？

非常感谢

Answer 1

不幸的是，没有in-built支持。但这里有一个轴中断的解决方法：为行名和列名创建一个字符向量，并将 10 个元素中的 9 个替换为空 space.

 mat <- matrix(runif(10000, min = 0, max = 10), ncol = 100, byrow = T)

rows <- as.character(1:nrow(mat))
rows[-seq(0, length(rows), 10)] <- ""

cols <- as.character(1:ncol(mat)) 
cols[-seq(0, length(cols), 10)] <- ""

heatmap(mat,
        Colv = NA, Rowv = NA,
        labRow = rows,
        cexRow = 1,
        labCol = cols,
        cexCol = 1)

如果你愿意使用另一个包，我推荐 levelplot() 来自 lattice-package:

（情节毫无意义，它只是一个展示它能做什么的视觉效果）

library(lattice)
library(RColorBrewer)

rows <- seq(11010903, 11011203, length.out = nrow(mat))
cols <- seq(11010903, 11011203, length.out = ncol(mat))

pal <- colorRampPalette(c("red", "yellow"), space = "rgb")
levelplot(mat, xlab="", ylab="", 
          row.values = rows, column.values = cols,
          col.regions = pal(5), at = seq(1,10, by = 2), scales = list(tck = c(1,0)))

如何调整热图的轴？

How to adjust the axis of a heatmap?

r

heatmap

dataframe