R foreach 使用 rpy2 python 永远运行 jupyter notebook
R foreach runs forever jupyter notebook with rpy2 python
我有一个 python jupyter notebook，其中 运行 一些数据获取代码为我提供了 fcs 文件列表。我在 R 中使用 fcsparser 和 foreach 并行解析它们，如下所示：
%%R -i files -o data_fcs
library(dplyr)
library(doParallel)
library(foreach)
library(flowCore)
registerDoParallel(cores=4)
trans = arcsinhTransform(transformationId='arcsinhTransform',a=0,b=(1/5),c=0)
print("a")
data_fcs <- foreach(file=files) %dopar% {
library(flowCore)
print(sprintf("%s", file))
# load fcs file
fcs = read.FCS(file)........(more code after this)
"a" 是在 foreach 循环之前打印的，但我猜里面的东西永远不会被执行，因为没有其他任何东西被打印，因为代码只是无休止地 运行s。我的机器（MacBook pro 笔记本电脑）有 4 个内核。
有时，代码会在大约一分钟内随机运行，然后脚本完成，这对我来说很奇怪。这个问题的原因可能是什么？谢谢！
我找到了一个 "solution"，它只是在每次成功后重新启动 jupyter 运行...现在似乎可以正常工作了
我有一个 python jupyter notebook，其中 运行 一些数据获取代码为我提供了 fcs 文件列表。我在 R 中使用 fcsparser 和 foreach 并行解析它们，如下所示：
%%R -i files -o data_fcs
library(dplyr)
library(doParallel)
library(foreach)
library(flowCore)
registerDoParallel(cores=4)
trans = arcsinhTransform(transformationId='arcsinhTransform',a=0,b=(1/5),c=0)
print("a")
data_fcs <- foreach(file=files) %dopar% {
library(flowCore)
print(sprintf("%s", file))
# load fcs file
fcs = read.FCS(file)........(more code after this)
"a" 是在 foreach 循环之前打印的，但我猜里面的东西永远不会被执行，因为没有其他任何东西被打印，因为代码只是无休止地 运行s。我的机器（MacBook pro 笔记本电脑）有 4 个内核。
有时，代码会在大约一分钟内随机运行，然后脚本完成，这对我来说很奇怪。这个问题的原因可能是什么？谢谢！
我找到了一个 "solution"，它只是在每次成功后重新启动 jupyter 运行...现在似乎可以正常工作了