热图不显示

Question

我正在尝试从如下所示的数据框中绘制一个简单的热图：

   row column content amount
0    x      a      c1      1
2    x      b      c3      3
4    x      c      c2      1
6    y      a      c1      1
8    y      b      c3      3
10   y      c      c2      1
12   z      a      c1      1
14   z      b      c3      3
16   z      c      c2      1

row 和 column 表示单元格的位置，它的颜色应该根据 content 选择，我想要工具提示显示 content 和amount.

我目前这样尝试（使用 bokeh 1.2.0）：

import pandas as pd

from bokeh.io import show
from bokeh.models import CategoricalColorMapper, LinearColorMapper, BasicTicker, PrintfTickFormatter, ColorBar, ColumnDataSource
from bokeh.plotting import figure
from bokeh.palettes import all_palettes
from bokeh.transform import transform

df = pd.DataFrame({
    'row': list('xxxxxxyyyyyyzzzzzz'),
    'column': list('aabbccaabbccaabbcc'),
    'content': ['c1', 'c2', 'c3', 'c1', 'c2', 'c3'] * 3,
    'amount': list('123212123212123212')})

df = df.drop_duplicates(subset=['row', 'column'])

source = ColumnDataSource(df)

rows = df['row'].unique()
columns = df['column'].unique()
content = df['content'].unique()

colors = all_palettes['Viridis'][max(len(content), 3)]
mapper = CategoricalColorMapper(palette=colors, factors=content)

TOOLS = "hover,save,pan,box_zoom,reset,wheel_zoom"

p = figure(title="My great heatmap",
           x_range=columns, y_range=rows,
           x_axis_location="above", plot_width=600, plot_height=400,
           tools=TOOLS, toolbar_location='below',
           tooltips=[('cell content', '@content'), ('amount', '@amount')])

p.grid.grid_line_color = None
p.axis.axis_line_color = None
p.axis.major_tick_line_color = None
p.axis.major_label_text_font_size = "5pt"
p.axis.major_label_standoff = 0

p.rect(x="row", y="column", width=1, height=1,
       source=source,
       fill_color=transform('content', mapper))

# color_bar = ColorBar(color_mapper=mapper, major_label_text_font_size="5pt",
#                      location=(0, 0))
# p.add_layout(color_bar, 'right')

show(p)

但是，有两个问题：

1) 执行时，我得到一个空的热图：

知道为什么吗？

2) 当我注释掉 color_bar = ... 部分时，我收到一条错误消息：

ValueError: expected an instance of type ContinuousColorMapper, got CategoricalColorMapper(id='3820', ...) of type CategoricalColorMapper

我做错了什么？

Answer 1

对于你的 colorBar 解决方案在这里，我安静地不明白你的来源发生了什么，我会再深入挖掘一点。 colorBar 需要一个连续的映射器，你给它一个分类。

from bokeh.models import (CategoricalColorMapper, LinearColorMapper, 
BasicTicker, PrintfTickFormatter, ColorBar, ColumnDataSource, 
LinearColorMapper)


factors =df['content'].unique().tolist()
colors = all_palettes['Viridis'][max(len(factors), 3)]
mapper = LinearColorMapper(palette=colors)

Answer 2

你的 x 和 y 坐标交换了，应该是：

p.rect(x="column", y="row", ...)

至于另一个消息，它是self-explanatory：从Bokeh 1.2开始，ColorBar只能配置连续的颜色映射器（例如LinearColorMapper）。您可以：

自己在 Python 代码中计算颜色，并在 source 中包含一列颜色，或者
re-cast 您的情节使用 LinearColorMapper（即将 content 适当地映射到某个数字比例）

热图不显示

Heatmap does not show

python

heatmap

bokeh