在列表列表上嵌套应用语句

Question

我想提取 seq.df（单列 df）中与匹配 map.list（列表的列表）中的索引相匹配的蛋白质。

示例数据：

seq.df<- rbind.data.frame("MTHISPAVYGLWAIMSVLLAAFCAY",
    "MERSSAIVFPNVGTSVLSATIHLVGVTVLAHLISRRTALRGTST",
    "MLFEPFWCLLDLLRWSLDTHYIPAKRPLNGGGRSSNFD")
map.list<- list(a<- list(2,3,4,5,6,7),
    b<- list(13,14,30,31,32),
    c<- list(5,6,10,11))

期望的输出：

THISPA
GTAHL
PFLD

如果我运行对 map.list 的第一个子列表进行嵌套应用，我会得到我想要的第一个蛋白质：

prot.list<- apply(seq.df, 1, function (x) lapply(map.list[[1]], function (y) substring(x, y, y)))

returns 第一个序列的预期结果 (THISSPA,)

但我不确定如何让这个函数遍历 map.list 中的所有子列表。我试图将它包装成一个 for 循环，但它没有给我预期的结果：

for (i in seq_along(map.list)){
  each.map.list<- map.list[[i]]
  prot.list<- apply(seq.df, 1, function (x) lapply(each.map.list, function (y) substring(x, y, y)))
}

输出：

SPGL
SAPN
PFLD

我更愿意添加另一个 lapply 语句，但我不确定如何在 map.list

中指定每个列表

#this does not work, but something like: 
prot.list<- apply(seq.df, 1, function (x) lapply(map.list, function (y) lapply([[y]], function (z) substring(x, z, z)))

Answer 1

我们可以用Map

unlist(Map(function(x, y) paste(substring(x, unlist(y), 
      unlist(y)), collapse=""), seq.df[[1]], map.list))
#[1] "THISPA" "GTAHL"  "PFLD"

此外，我们可以在开始时做一个 unlist 并使用扁平化的 list 作为输入

，而不是 unlisting 两次

l1 <- lapply(map.list, unlist)  
sapply(Map(substring, seq.df[[1]], first = l1, last = l1), paste, collapse="")
#[1] "THISPA" "GTAHL"  "PFLD"

或者 map2 来自 purrr

library(purrr)
map2_chr(seq.df[[1]], map.list, ~ str_c(substring(.x,
   unlist(.y), unlist(.y)), collapse=""))

Answer 2

seq.df<- rbind.data.frame("MTHISPAVYGLWAIMSVLLAAFCAY",
                          "MERSSAIVFPNVGTSVLSATIHLVGVTVLAHLISRRTALRGTST",
                          "MLFEPFWCLLDLLRWSLDTHYIPAKRPLNGGGRSSNFD")
map.list<- list(a<- list(2,3,4,5,6,7),
                b<- list(13,14,30,31,32),
                c<- list(5,6,10,11))
lapply(1:nrow(seq.df), 
  function(x)paste(strsplit(as.character(seq.df[x,]), "")[[1]][unlist(map.list[[x]])], collapse=""))


[[1]]
[1] "THISPA"

[[2]]
[1] "GTAHL"

[[3]]
[1] "PFLD"

Answer 3

这是一个使用mapply()

的解决方案

它使用匿名函数，使用seq.df的character-split字符串作为x，位置列表作为y。

mapply( function(x,y) paste0( x[ unlist(y) ], collapse = "" ), 
        x = stringr::str_split( seq.df[,1], pattern = ""),
        y = map.list )

[1] "THISPA" "GTAHL"  "PFLD"

在列表列表上嵌套应用语句

Nested apply statement over a list of lists

r

nested-loops

lapply