Geom_violin + geom_error_bar

Question

我对 3 个对象有 500 个估计。我的目标是绘制小提琴图以了解估计值的分布，但同时，我想可视化标准误差（以另一种方式评估）、平均值估计值和真实值。

这是我的：

object1 <- rnorm(500,mean=1,sd=0.1)
object2 <- rnorm(500,mean=2,sd=0.1)
object3 <- rnorm(500,mean=3,sd=0.1)

estimations <- data.frame(object1,object2,object3)
colnames(estimations) <- 1:3

SEframe <- data.frame()
SEframe <- rbind(SEframe,c(1,1,mean(object1),0.1))
SEframe <- rbind(SEframe,c(2,2,mean(object2),0.15))
SEframe <- rbind(SEframe,c(3,3,mean(object3),0.25))

colnames(SEframe) <- c("ID","True.value","Estimated.value","SE")

estMelted <- melt(estimations)
estMelted$variable <- as.factor(estMelted$variable)

p <- ggplot(estMelted, aes(x=variable, y=value)) + 
  geom_violin()

现在我想在图表上画一条线表示真实值，一条误差线表示估计值和 SE。

我该怎么做？

Answer 1

您始终可以为附加层指定另一个数据集。在这里，我们添加了一个 geom_errorbar 层和一个 geom_point 层，我们将这两个层与 data=SEframe.

一起使用

p + 
  geom_errorbar(data=SEframe, aes(x=ID, 
             ymin=Estimated.value - SE, 
             ymax=Estimated.value+SE), inherit.aes=F) + 
  geom_point(data=SEframe, aes(x=ID, y=Estimated.value))

注意inherit.aes=FALSE的用法。原因如下：默认情况下，geom_errorbar 将从 ggplot() 继承映射，但该映射使用名为 value 的列。即使 geom_errorbar 不需要它（因为它不需要 y），它仍然会被继承并导致问题。因此，我们指定aes不应该被继承。

Geom_violin + geom_error_bar

Geom_violin + geom_error_bar

r

ggplot2

line-plot

violin-plot

errorbar