运行特定文件夹中的文件出错，而同一文件在其他文件夹中运行顺利

Question

我运行使用超级计算机同时在 12 个文件夹中 (m1, m2,... m12) 同一个 R 文件 (file.R)。该文件具有完全相同的名称和内容，唯一的区别是它包含在不同的文件夹中。每个文件夹中都没有 .RData 文件。所有文件都调用另一个文件夹中的相同 .RData 文件。同样对于 R packages.

该文件在所有文件夹中运行顺利，但在文件夹 m2 中，其中 .Rout 文件的输出为：

Error in load(name, envir = .GlobalEnv) : 
  ReadItem: unknown type 0, perhaps written by later version of R
Calls: sys.load.image -> load
Execution halted

文件开头为：

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##                                                                          ##
##                              -  -  -  -  -  -                            ##
##                                                                          ##
##                           S I M U L A T I O N S                          ##
############################################################################## 
require(tidyverse)
require(dplyr)
require(scales)
require(pracma)
require(foreach)
require(doSNOW)

和 .Rout 文件甚至不打印注释和包。它立即退出并显示该错误消息。我不明白为什么文件夹 m2 如此特殊。对这个错误有什么想法吗？

PS：对不起，我知道我没有给你一个可复制的例子，但我就是无法复制。运行 bsub -n 2 -q long_int -Ip -W 48:00 -R "rusage[mem=20000]" -M 20000 -hl R CMD BATCH simulation_doParallel2.R 工作正常。

Answer 1

我认为您调用 Rscript 的文件夹中可能有一个 .RData... 可能是 home

运行: find /home -iname *.RData 找到文件

运行特定文件夹中的文件出错，而同一文件在其他文件夹中运行顺利

Error in running a file in a specific folder, while the same file runs smoothly in other folders

global

compiler-errors

r

package

运行 特定文件夹中的文件出错，而同一文件在其他文件夹中运行顺利

Error in running a file in a specific folder, while the same file runs smoothly in other folders

global

compiler-errors

r

package

运行特定文件夹中的文件出错，而同一文件在其他文件夹中运行顺利