为变量重要性和绘图实现 varImp

Question

我正在尝试绘制以下模型的变量重要性分数。

分数输出正常，但绘图不正确 - 我需要向代码添加另一个参数吗？

分数的代码和输出如下。

library(caret)
#GENERALISED LINEAR MODEL
LR_swim <- lm(racetime_mins ~ event_date+ event_month +year +event_id + 
            gender + distance_new + New_Condition+
            raceNo_Updated +  
            handicap_mins +points+
              Wind_Speed_knots+ 
             Air_Temp_Celsius +Water_Temp_Celsius +Wave_Height_m,
               data = SwimmingTrain) 
           family=gaussian(link = "identity")

varImp2<-varImp(object=LR_swim)
plot(varImp2,main="Variable Importance")

总体 event_date 24.463358 event_month 22.358448 年 24.399390 event_id 26.878342 性别女 30.422470 性别男 13.273062 distance_new 248.727351 New_Condition 22.574999 raceNo_Updated9.812053 handicap_mins134.914137 点 40.443116 Wind_Speed_knots 14.492203 Air_Temp_Celsius16.562194 Water_Temp_Celsius2.861662 Wave_Height_m8.592716

#ClassOutput
class(varImp2)
[1] "data.frame"
#HeadOutput
> head(varImp2)
          Overall
event_date   24.46336
event_month  22.35845
year         24.39939
event_id     26.87834
genderfemale 30.42247
gendermale   13.27306

我的看起来像；

应该看起来像

Answer 1

根据您想要的结果，您的目标是从数据框中绘制一个数字列，按列中的值在 y-axis 上排序。我将使用 mtcars 数据集作为示例。

library(caret)
LR_mtcars <- glm(mpg ~ ., data = mtcars, family = gaussian)
varImp2 <- varImp(LR_mtcars)

varImp2 是一个数据帧。现在添加一个名为 "labels" 的列。我们将此列设置为 factor，然后根据 "Overall".

中的值对其进行排序

varImp2$labels <- factor(rownames(varImp2))
varImp2$labels <- reorder(varImp2$labels, varImp2$Overall)

然后我们可以绘制这些值。对于绘图的第一次迭代，我们将 x 轴和 y 轴的标题以及 y-axis 的标签留空。然后我们随后将它们添加回去。

plot(x = varImp2$Overall, y = varImp2$labels, main = "Variable Importance", 
  yaxt = "n", ylab = "", xlab = "")
axis(2, at = 1:nrow(varImp2), labels = levels(varImp2$labels), las = 2)
title(xlab = "Importance")

这给了我们

Answer 2

好吧，在命令中我问过 varImp2 的行名是否是您绘图中所需的 x 值，但您没有告诉。在任何情况下，假设行名是您要分配的 y 值，这些代码会为您提供所需的图，您可以自己安排 x 和 y。

library(ggplot2)

  ggplot(data= varImp2, aes(x=rownames(varImp2),y=Overall)) +
  geom_bar(position="dodge",stat="identity",width = 0, color = "black") + 
  coord_flip() + geom_point(color='skyblue') + xlab(" Importance Score")+
  ggtitle("Variable Importance") + 
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
  theme(panel.background = element_rect(fill = 'white', colour = 'black'))

为变量重要性和绘图实现 varImp

Implement varImp for variable importance and plot

r

r-caret