如何在热图中显示图例？

Question

问题其实很简单，但是我找不到解决方法。

如何绘制热图及其图例，即带有色标的条形图代表绘制的最小值和最大值？

我阅读了 heatmap() 函数的帮助，并按照此处的说明使用 base R：

这就是我正在做的事情

heatmap(as.matrix(dataSet[, -1]), Colv = NA, Rowv = NA, scale="column", xlab="something", ylab="", main="A title", labRow=dataSet$labels, labCol=colnames(dataSet[, -1]), col= colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(25))

它运行得很好，但我仍然想绘制一个图例。有办法吗？

这是我正在使用的数据集的示例。第一行是 header.

labels  6   1   4   8   3   2   9   7   5
aaa1    2   2   11  0   0   0   0   0   0
aaa2    3   3   16  0   0   0   0   0   0
aaa3    1   4   15  0   0   0   0   0   0
aaa4    1   6   17  0   0   0   0   0   4
aaa10   1   2   16  0   0   0   0   0   0
bbb11   1   0   2   0   1   2   1   0   0
bbb12   0   1   10  1   0   1   2   3   0
bbb13   1   0   0   0   2   0   0   0   0

Answer 1

您需要将 legend 函数添加为单独的一行。

library(RColorBrewer)

dataSet<-read.table(header=TRUE, text="labels  6   1   4   8   3   2   9   7   5
aaa1    2   2   11  0   0   0   0   0   0
aaa2    3   3   16  0   0   0   0   0   0
aaa3    1   4   15  0   0   0   0   0   0
aaa4    1   6   17  0   0   0   0   0   4
aaa10   1   2   16  0   0   0   0   0   0
bbb11   1   0   2   0   1   2   1   0   0
bbb12   0   1   10  1   0   1   2   3   0
bbb13   1   0   0   0   2   0   0   0   0")

heatmap(as.matrix(dataSet[, -1]), Colv = NA, Rowv = NA, 
        scale="column", xlab="something", ylab="", main="A title", 
        labRow=dataSet$labels, labCol=colnames(dataSet[, -1]), 
        col= colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(25))

legend(x="bottomright", legend=c("min", "ave", "max"), 
     fill=colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(3))

由于您按列缩放，我不确定预期范围应该是多少。在上面的示例中，我假设图例中有 3 个级别。为了更好地放置图例，您可以调整 x 选项或指定 x 和 y 坐标。有关详细信息，请参阅 ?legend。

如何在热图中显示图例？

How to show legend in heatmap?

r

heatmap