ggplot2：如何让点与小提琴图分组？

Question

我想绘制 x 轴为 exon 的小提琴图，但我想对这些图进行分组。如果它只是小提琴，这会起作用，但是当我出于某种原因添加抖动时，它没有响应正确的 aes 并且正在自行绘制？这是带有错误屏幕截图的可重现代码。谢谢！

set.seed(1)
df <- data.frame(
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200)),
  values = rnorm(400, 200, 40),
  group = c(
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50),
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50)
  )
)

ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin() +
  geom_jitter(shape = 16, position = position_jitter(0.07))

因此，如果绘图有效，则应该在每个外显子的每个组中绘制点，但这里显然不是。

Answer 1

你是说类似的意思吗？

set.seed ( 1)
df = data.frame ( 
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200))
  ,values = rnorm(400,200,40)
  ,group = c(rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50),
             rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3",50) )
)

ggplot(df, aes(y= values  , x= exons , fill = group )) +
  geom_violin()+ 
  geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(width = NULL, height = NULL))

您可以定义 x 和 y 方向的抖动程度。

Answer 2

您可能需要 position_dodge() 和 position_jitterdodge()

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_point(position = position_jitterdodge(seed = 1, dodge.width = 0.9))

另一个值得一提的选项是 ggbeeswarm 包中的 geom_quasirandom() 函数

library(ggbeeswarm)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_quasirandom(dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE)

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2019-08-10 创建

ggplot2：如何让点与小提琴图分组？

ggplot2: How to get dots to group with violin plots?

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ggplot2

violin-plot