如何为 Python2 安装特定版本的 rdkit 库？

Question

我需要安装 2019 年之前发布的 rdkit 库版本，当时对 Python 2 的支持已被删除。这是使用此库所必需的：https://github.com/brain-research/deep-molecular-massspec

我已经从 git 页面下载了库，例如。 https://github.com/rdkit/rdkit/releases/tag/Release_2018_09_1，并尝试使用 pip 从那里安装。

sudo pip install rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz

我收到以下错误：

Processing ./rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: Traceback (most recent call last): File "", line 1, in IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/pip-ohIcaj-build/setup.py'
---------------------------------------- Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-ohIcaj-build

我也尝试过使用 pip 安装特定版本：

sudo pip install rdkit==2018.09.01

给出：

Collecting rdkit==2018.09.01 Could not find a version that satisfies the requirement rdkit==2018.09.01 (from versions: ) No matching distribution found for rdkit==2018.09.01

谁能告诉我怎么做？

Answer 1

问题是，根据该站点，您下载的是 tar 包含该库源代码的存档，而不是 pip 包。

所以尝试使用 pip 安装它是行不通的。

RDKit 项目主页提供了其他安装选项 1) 从 Anaconda conda 虚拟环境中安装 2) 从 Windows、Linux 和 Mac.

这些说明位于 RDKit installation instructions

Answer 2

@paisanco 是正确的，尝试用 pip 安装 rdkit 是行不通的。安装 rdkit 的最简单方法是使用 Anaconda unless you want to build from source。

如果你安装了 Anaconda，你可以创建一个 python 2.7 虚拟环境：

conda create --name test-env python=2.7

然后您可以激活它：

conda activate test-env

然后安装你需要的rdkit版本：

conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1

使用Python：

import rdkit
print rdkit.__version__
[Out]: '2018.09.1'

Answer 3

conda create -n my_env python=3.7
conda activate my_env
conda install numpy matplotlib 
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

并下载 rdkit 包 https://anaconda.org/rdkit/rdkit/files

# finally
conda install rdkit-2020.09.1b1.0-py37hd50e099_1.tar.bz2

Answer 4

使用 python 2.7.15:

创建一个新的 conda 环境

conda create -n py27_rdkit python=2.7.15 ipython

激活环境（python2.7）

conda activate py27_rdkit

现在在 py27_protac 环境中，安装不会抱怨 python2.7:

的旧版本的 rdkit

conda install -c conda-forge rdkit rdkit=2018.09.1

上面回答中的 conda 安装命令：'conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1' 由于多次冲突而失败。

如何为 Python2 安装特定版本的 rdkit 库？

how do I install a specific version of the rdkit library for Python2?

python

pip

rdkit