snakemake 是否可以自动生成报告和 DAG 图像？

Question

我想在运行 snakemake 的工作流程之后自动生成报告和 DAG 图像。我还想用给定的名称创建报告，例如在config.yaml.

中指定

我不能在 Snakefile 中使用 snakemake shell 命令，我通常会用它来手动创建报告。

我将用于手动创建报告的代码：

snakemake --report

手动创建DAG图像代码：

snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf

如何在 Snakefile 中执行此操作？

感谢您的帮助！

Answer 1

你可以这样做，但我觉得它很难看。在你的 Snakefile 末尾添加：

onsuccess:
    shell(
        r"""
        snakemake --unlock
        snakemake --report
        snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf
        """)

snakemake 是否可以自动生成报告和 DAG 图像？

Is it possible in snakemake to produce reports and the DAG images automatically?

snakemake