如何将变量从 shell 命令分配给 python 脚本

Question

我正在尝试运行在 slurm 中使用数组进行批处理。我只知道 shell 命令从数组（文本文件）中提取变量，但未能将其分配为 Python 变量。

我必须为 Python slurm 脚本分配一个变量。我使用 shell 命令从数组中提取值。但在将其分配给变量时遇到错误。我使用了子进程，os.system 和 os.popen。或者有什么方法可以从文本文件中提取值以用作 Python 变量？

start_date = os.system('$(cat startdate.txt | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p)')

start_date = subprocess.check_output("$(cat startdate.txt | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p)", shell=True)

start_date = os.popen('$(cat startdate.txt | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p)').read()


start_date = '07-24-2004'

Answer 1

不要使用 $(...)。这将执行命令，然后尝试执行命令的输出。您希望将输出发送回 python，而不是由 shell.

重新执行

start_date = subprocess.check_output("cat startdate.txt | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p", shell=True)

Answer 2

Barmar 是正确的，$(...) 部分是为什么你没有得到你想要的，但真正的问题是为什么当你使用 python 时你想使用 cat 和 sed 作为出色地。只需打开文件并提取您想要的信息

import os
with open("startdate.txt", "r") as fh:
    lines = fh.readlines()
start_date = lines[os.environ['SLURM_ARRAY_TASK_ID']].strip()

.strip() 部分去掉了换行符。

如何将变量从 shell 命令分配给 python 脚本

How to assign variable from a shell command to python script

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slurm