"read_excel" 在 Shiny 应用中

Question

我有一个 Shiny 应用程序，它使用包 xlsx 中的 read.xlsx 函数。一切正常，但我想从 readxl 更改为 read_excel，希望它会更快并且能够处理大文件。

ui 部分：

fileInput("inputFile","Upload file...")

服务器部分：

  data <- reactive({
    inFile <- input$inputFile
    if (is.null(inFile)) { return(NULL) }    
    dataFile <- read_excel(inFile$datapath,sheet=1)
    return(dataFile)
  })

我收到 "Unknown format" 错误。

inFile$datapath is "/tmp/.../60974676c7287e913d1c0dc5/0"
inFile$type is "application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet"

问题 1：有没有办法告诉 read_excel 这是一个 xlsx 类型的文件？
问题2：是否可以控制上传文件的存储位置？

Answer 1

这是一个带有 readxl 包的 open issue。当前提供的解决方法是复制文件数据路径并附加 .xlsx。这是我机器上的一个工作示例，仅限于 .xlsx 文件编辑为使用 file.rename 而不是 file.copy.

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
    list(
        ui = fluidPage(
            titlePanel("Use readxl"),
            sidebarLayout(
                sidebarPanel(
                    fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                              accept = c(".xlsx")
                              )
                    ),
                mainPanel(
                    tableOutput('contents'))
                )
            ),
        server = function(input, output){
            output$contents <- renderTable({
                inFile <- input$file1

                if(is.null(inFile))
                    return(NULL)
                file.rename(inFile$datapath,
                          paste(inFile$datapath, ".xlsx", sep=""))
                read_excel(paste(inFile$datapath, ".xlsx", sep=""), 1)
            })
        }
        )
    )

编辑请注意，对于 readxl 的 1.1.0 版本，不再需要重命名文件。以下对我来说现在没有问题。

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
  list(
    ui = fluidPage(
      titlePanel("Use readxl"),
      sidebarLayout(
        sidebarPanel(
          fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                    accept = c(".xlsx")
          )
        ),
        mainPanel(
          tableOutput('contents'))
      )
    ),
    server = function(input, output){
      output$contents <- renderTable({

        req(input$file1)

        inFile <- input$file1

        read_excel(inFile$datapath, 1)
      })
    }
  )
)

Answer 2

确保用户确实上传了 .xlsx 文件，否则您需要检查自己的扩展名以在读取功能之间切换。您可以按如下方式提取扩展名：

library(shiny)
library(readxl)

runApp(
list(
    ui = fluidPage(
        titlePanel("Use readxl"),
        sidebarLayout(
            sidebarPanel(
                fileInput('file1', 'Choose xlsx file',
                          accept = c(".xlsx")
                          )
                ),
            mainPanel(
                tableOutput('contents'))
            )
        ),
    server = function(input, output){
        output$contents <- renderTable({
            inFile <- input$file1

            if(is.null(inFile))
                return(NULL)

            ext <- tools::file_ext(inFile$name)
            file.rename(inFile$datapath,
               paste(inFile$datapath, ext, sep="."))
            read_excel(paste(inFile$datapath, ext, sep="."), 1)
         })
        }
    )
)

"read_excel" 在 Shiny 应用中

"read_excel" in a Shiny app

r

xlsx

shiny