使用ggplot的空间网络图

Question

我想在 ggplot2 中重现区域的空间依赖关系图，而不是在 R

中使用基本的 plot

我在下面的代码中提供了可重现的示例：

我遵循了示例：

library(leaflet)
library(ggplot2)
library(sf)
library(spdep)

URL <- "https://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm3.6/Rsp/gadm36_CZE_1_sp.rds"
data <- readRDS(url(URL))

ggplot() + 
  geom_polygon(data = data, aes(x=long, y = lat, group = group), color = "black", fill = F)

cns <- knearneigh(coordinates(data), k = 3, longlat=T)
scnsn <- knn2nb(cns, row.names = NULL, sym = T)
cns
scnsn
cS <- nb2listw(scnsn)
summary(cS)

# Plot of regions and k-nn neighthorhours matrix

plot(data)
plot(cS, coordinates(data), add = T)

我问的是如何使用 ggplot 重现 Plot of regions and k-nn neighthorhours matrix。

我知道我们必须检索每个点输入然后使用 geom_segment，但是我不知道如何从 cS 对象中检索它。

Answer 1

您引用的另一个 SO post 包含您需要遵循的所有步骤来获得您的情节（感谢@StupidWolf 的出色回答）。

基本上，您需要使用以下方法提取不同的段：

1) 转换dataframe中数据的坐标，方便后面使用：

data_df <- data.frame(coordinates(data))
colnames(data_df) <- c("long", "lat")

此 data_df 现在包含绘图点的所有 x、y 值。

2) 现在，我们可以使用以下方法从 cS 对象中检索段信息：

n = length(attributes(cS$neighbours)$region.id)
DA = data.frame(
  from = rep(1:n,sapply(cS$neighbours,length)),
  to = unlist(cS$neighbours),
  weight = unlist(cS$weights)
)
DA = cbind(DA, data_df[DA$from,], data_df[DA$to,])
colnames(DA)[4:7] = c("long","lat","long_to","lat_to")

在 DA 数据框中，您拥有绘制每个线段所需的所有信息

3) 最后，你可以把每一部分画出来：

ggplot(data, aes(x = long, y =lat))+
  geom_polygon(aes(group = group), color = "black", fill = FALSE)+
  geom_point(data = data_df, aes(x= long, y = lat), size = 1)+
  geom_segment(data = DA, aes(xend = long_to, yend = lat_to), size=0.5)

同样，@StupidWolf 提供的解决方案写得非常好并且易于理解，所以我不知道您为什么无法重现它。

使用ggplot的空间网络图

spatial network plot using ggplot

r

spatial

ggplot2