在 R 中的 doParallel 并行循环中使用砖（光栅）

Question

我想在 R 中的并行循环内读取单独的 tif 文件。我加载了光栅包，并且 brick 在循环外工作，但在循环内尝试使用 brick 失败：

library(foreach)
library(doParallel)
library(raster)

cores=detectCores()
cl <- makeCluster(cores[1]) 
registerDoParallel(cl)

tiffile="../ESACCI-LC-L4-LC10-Map-20m-P1Y-2016-v1.0.tif"
print("step1")
bdata=brick(tiffile)

print("step2")
result<-foreach(j=1:5,.combine=rbind) %dopar% {
bpar=brick(tiffile)
}

输出：

[1] "step1"
[1] "step2"
Error in { : task 1 failed - "could not find function "brick""
Calls: %dopar% -> <Anonymous>

Answer 1

foreach 命令启动单独的环境，其中未加载栅格包，因此您需要在对 brick 的调用中提供完整的命名空间，如下所示...

library(foreach)
library(doParallel)
library(raster)

cores=detectCores()
cl <- makeCluster(cores[1]) 
registerDoParallel(cl)

tiffile="../ESACCI-LC-L4-LC10-Map-20m-P1Y-2016-v1.0.tif"
print("step1")
bdata=brick(tiffile)

print("step2")
result<-foreach(j=1:5,.combine=rbind) %dopar% {
    bpar=raster::brick(tiffile)
}

在 R 中的 doParallel 并行循环中使用砖（光栅）

use of brick (raster) within doParallel parallel loop in R

r

r-raster

doparallel