如何在 Snakemake 中引用 anaconda 环境中的可执行文件

Question

我正在使用 vcf2maf 将变体注释为 snakemake 管道的一部分

rule vcf2maf:
    input:
        vcf="vcfs/{sample}.vcf",
        fasta=vep_fasta,
        vep_dir=vep_dir
    output:
        "mafs/{sample}.maf"
    conda:
        "../envs/annotation.yml"
    shell:
        """
        vcf2maf.pl --input-vcf {input.vcf} --output-maf {output} \
            --tumor-id {wildcards.sample}.tumor \
            --normal-id {wildcards.sample}.normal \
            --ref-fasta {input.fasta} --filter-vcf 0 \
            --vep-data {input.vep_dir} --vep-path [need path]

        """

conda 环境有两个包：vcf2maf 和 vep。 vcf2maf 需要从 vep 到运行的正确路径，但我不确定如何访问 vep 的路径，因为它存储在 conda 环境中它将具有用户特定的绝对路径。有没有一种简单的方法可以获取 vep 的路径，以便我可以参考 --vep-path?

Answer 1

您可以像这样使用 unix which 命令：

veppath=`which vep`
vcf2maf.pl --vep-path $veppath ...

[vep path is] stored inside the conda environment which will have a user specific absolute path

变量CONDA_PREFIX包含当前conda环境的路径。所以你也可以这样做：

vcf2maf.pl --vep-path $CONDA_PREFIX/bin/vep ...

如何在 Snakemake 中引用 anaconda 环境中的可执行文件

How to refer to executable inside anaconda environment in Snakemake

python

pipeline

conda

snakemake