optparse NA 默认不被命令行参数覆盖

Question

考虑以下脚本：

library(optparse)

option_list <- list(
    make_option(c('--sample_p'), default=NA, dest='sample_p', help='Sample probability of inclusion if randomly sampling records')
)

args <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list))
print(args)

if(!is.na(args$sample_p)){
    print('Chose to sample')
}else{
    print('Did not choose to sample')
}

我想向脚本传递一个浮点值，存储在 args$sample_p 中。我尝试了以下方法，但两种方法都没有让我存储 0.05：

$ Rscript test.R --sample_p 0.05
$sample_p
[1] NA

$help
[1] FALSE

[1] "Did not choose to sample"
$ Rscript test.R --sample_p=0.05
Warning message:
In getopt(spec = spec, opt = args) :
  long flag sample_p given a bad argument
$sample_p
[1] NA

$help
[1] FALSE

[1] "Did not choose to sample"

但是，如果我将 sample_p 的默认值改为一个数字，而不是 NA，它会起作用：

library(optparse)

option_list <- list(
    make_option(c('--sample_p'), default=0, dest='sample_p', help='Sample probability of inclusion if randomly sampling records')
)

args <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list))
print(args)

if(!is.na(args$sample_p)){
    print('Chose to sample')
}else{
    print('Did not choose to sample')
}

$ Rscript test.R --sample_p 0.05
$sample_p
[1] 0.05

$help
[1] FALSE

[1] "Chose to sample"

为什么 NA 作为默认值会导致问题？

Answer 1

看起来您需要使用 NA_real_ 来指定在此上下文中使用的 NA 类型 (https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/NA.html)。

option_list <- list(
    make_option(c('--sample_p'), default=NA_real_, dest='sample_p', help='Sample probability of inclusion if randomly sampling records')
)

这主要是因为 type 在 make_option() 中的处理方式。

optparse NA 默认不被命令行参数覆盖

optparse NA default not being overwritten by command-line argument

r

command-line-arguments