Scipy ValueError: Total size of new array must be unchanged

Question

我目前正在使用 Scipy 0.7.2 和 Numpy 1.4.1。我的 Python 版本是 2.6.6。我编写了一个简单的代码来从 .mtx 文件中读取一个 coo 稀疏矩阵，如下所示：

data = scipy.io.mmread('matrix.mtx')

在运行代码中，我得到了以下错误：

Traceback (most recent call last):                                    
  File "read_mat.py", line 31, in <>
    data = scipy.io.mmread('matrix.mtx')                                                                                         
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 52, in mmread                         
    return MMFile().read(source)                                                                                        
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 273, in read                          
    return self._parse_body(stream)                                                                                     
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 417, in _parse_body                   
    flat_data = flat_data.reshape(-1,3)                                                                                 
ValueError: total size of new array must be unchanged

我查看了一些关于 SO 的问题，发现它可能是一些特定于版本的问题，但是，根据 this，它已在我的版本中得到修复。谁能告诉我我能在这里做什么？提前致谢！

编辑：我尝试打开一个不同的文件，它被读取了。所以，我想问题出在我的文件上。我正在粘贴以下两个文件的前几行：

打开的文件：

%%MatrixMarket matrix coordinate integer general
%
1466983 1466983 655955608
1 1 3448
1 2 824
1 3 1492
1 4 132
1 5 426

打不开的文件：

%%MatrixMarket matrix coordinate integer general
%
11162 11162 233925
1 2 1
1 3 1
1 4 1
1 16 1
1 19 1

Answer 1

回溯的最后几行表明可能存在的问题：数据文件被读取为平面 (1D) 数组，然后 scipy 尝试将数组重塑为 (n, 3) 数组，失败了。这意味着平面数组的大小不是三的倍数（如果你试图重塑 np.ones(4).reshape(-1, 3)，你会得到同样的错误）。

平面数组不是三元数组的事实意味着在一行的某处缺少一个数字。那或一行（或更多行）以某种方式格式错误。它可能只是最后一行被截断，这很容易检查。

如果您使用的是 *nix，您可以使用 awk 来检查：

awk '{ print NF }' matrix.mtx | grep -v 3

应该显示没有由空格分隔的 3 列的行。

您也可以使用 awk 删除坏行：

awk '(NF == 3 || NR < 3) { print [=11=] }' matrix.mtx > goodmatrix.mtx

Scipy ValueError: Total size of new array must be unchanged

Scipy ValueError: Total size of new array must be unchanged

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