在 k 部分图中展开 networkx 的顶点

Question

我有一个 k 分图，其中的节点彼此非常接近。如果我将标签选项设置为 True，它看起来会非常混乱。

1) 如何在节点之间以足够的距离传播图形 2）如果节点标签很大，如何增加节点的大小，使其适合标签。

以下是代码片段

 G = nx.Graph()

G.add_nodes_from(emc["entity"], bipartite=0)
G.add_nodes_from(set(EMM_unique["keys"]).symmetric_difference(set(emc["entity"])), bipartite=1)
G.add_nodes_from(EMM["id"], bipartite=2)
G.add_edges_from(list(emc.itertuples(index=False)))
G.add_edges_from(list(EMM.itertuples(index=False)))

nodes = G.nodes()
# for each of the parts create a set
nodes_0  = set([n for n in nodes if  G.nodes[n]['bipartite']==0])
nodes_1  = set([n for n in nodes if  G.nodes[n]['bipartite']==1])
nodes_2  = set([n for n in nodes if  G.nodes[n]['bipartite']==2])


 # set the location of the nodes for each set
pos = dict()
pos.update( (n, (i, -1)) for i, n in enumerate(nodes_0) ) # put nodes from X at x=1
pos.update( (n, (i, -2)) for i, n in enumerate(nodes_1) ) # put nodes from Y at x=2
pos.update( (n, (i, -3)) for i, n in enumerate(nodes_2) ) # put nodes from X at x=1


color_map = []
for node in G:
    if node in emc["entity"].values:
       color_map.append("red")
    elif node in EMM["id"].values:
        color_map.append("green")
    else:
        color_map.append("cyan")

nx.draw(G, pos, node_color=color_map, node_size= [len(n)*20 for n in G.nodes()], font_color= "blue",font_size=7, alpha=0.7, node_shape="s", with_labels=True, with_arrows=True)

我已经尝试过通过字符串节点长度更改 node_size 的选项，但是从图像中可以看出，由于节点之间的距离较小，它太杂乱了。有人也可以帮我在节点外创建一个标签框吗？该选项也将解决该问题。谢谢

PS 我知道这样的选项在二分布局中可用，但我没有使用二分布局。

Answer 1

由于您正在固定位置，问题实际上是没有足够的间距使标签可读，并且它们会重叠。因此，如果您想保留这些位置，您可以做的一件事是旋转标签。为此，您可以使用 nx.draw_networkx_labels 单独绘制标签，然后使用：

旋转它们

nx.draw(G, pos, 
        node_color=color_map, 
        font_size=7, 
        with_labels=False,
        alpha=0.7, 
        node_shape="s", 
        with_arrows=True)

label = nx.draw_networkx_labels(G, 
                               pos,
                               font_size=12)

for _,n in label .items():
    n.set_rotation('vertical')

在 k 部分图中展开 networkx 的顶点

spreading out vertices of networkx in k-partite graph

graph-theory

graph

networkx

python-3.x