R Shiny App 问题 --> 交互式生存图
Issue with R Shiny App --> Interactive Survival Plots
我是 R Shiny 的新手，我正在尝试构建一个 Shiny Web 应用程序，该应用程序可以生成带有两个反应输入的生存图。第一个输入是研究（总计 = 4）。第二个输入是用于比较生存曲线的组（总计 = 19）。理想情况下，这两个输入将使我能够在特定研究中看到 X 组生存曲线与所有其他组的生存曲线相比如何。
这是我的数据示例：
ObsNum UniqueID Time Censored Group Group2 Study
1 523B95015 27 1 1 523 1
2 523B95014 27 1 1 523 1
3 523B85051 27 1 1 523 1
4 523B95009 27 1 1 523 1
5 523B85048 27 1 1 523 1
6 523B85050 27 1 1 523 1
7 675B89002 27 1 8 675 1
8 556B95006 27 1 12 556 1
9 556B85030 27 1 12 556 1
10 556B85044 27 1 12 556 1
11 556B95035 27 1 12 556 1
12 556B95000 27 1 12 556 1
13 556B95004 27 1 12 556 1
14 556B95002 27 1 12 556 1
15 756Y81172 27 1 17 756 1
16 741B95022 27 1 99 741 1
17 741B95020 27 1 99 741 1
18 619B92008 28 1 7 619 1
19 552B89003 28 1 10 552 1
20 101B94097 28 1 99 101 1
21 101B94098 28 1 99 101 1
22 618C84582 29 1 23 618 1
23 618C84580 29 1 23 618 1
24 618C84581 29 1 23 618 1
25 730B90003 29 1 99 730 1
26 646B42015 34 1 4 646 1
27 671B60009 35 1 17 671 1
28 612C80247 35 1 21 612 1
29 700C64500 35 1 99 791 1
30 101B89052 40 1 99 101 1
31 101B85047 40 1 99 101 1
32 101B95068 40 1 99 101 1
33 538B70011 51 1 10 538 1
34 689C85036 57 1 1 689 1
35 689C95450 57 1 1 689 1
36 556B85050 62 1 12 556 1
37 636B80005 62 1 23 636 1
38 636B92002 62 1 23 636 1
39 630B30005 70 1 2 630 1
40 642B80021 78 1 4 642 1
41 101B79173 86 1 99 101 1
42 523B81007 106 0 1 523 1
43 620B88003 106 0 2 620 1
44 642B40002 106 1 4 642 1
45 642B40001 106 1 4 642 1
46 581B81002 106 0 5 581 1
47 581B81001 106 0 5 581 1
48 573B95000 106 0 8 573 1
49 589B80015 106 0 15 589 1
50 589B80016 106 0 15 589 1
51 657B50013 106 0 15 657 1
52 657B43004 106 0 15 657 1
53 459B85085 106 0 21 459 1
54 459Y81171 106 0 21 459 1
55 101B75006 106 0 99 101 1
56 101SC8023 106 0 99 101 1
57 101B85122 106 0 99 101 1
58 101B55116 106 0 99 101 1
59 101B79086 106 0 99 101 1
60 101B95066 106 0 99 101 1
61 730B97005 106 0 99 730 1
62 741B85045 106 0 99 741 1
63 777B96001 106 0 99 777 1
64 556B85077 1 1 12 556 2
65 636B92003 1 1 23 636 2
66 101B94137 1 1 99 101 2
67 700C64500 5 1 99 791 2
68 463Y91171 6 1 20 463 2
69 618C84319 6 1 23 618 2
70 776C93046 6 1 99 776 2
71 556B95042 7 1 12 556 2
72 556B95043 7 1 12 556 2
73 556B97000 7 1 12 556 2
74 549B80069 7 1 17 549 2
75 573B95000 22 1 8 573 2
76 580B90024 22 1 16 580 2
77 523B81007 28 1 1 523 2
78 520B60012 32 1 16 520 2
79 520B70011 32 1 16 520 2
80 586B70008 33 1 16 586 2
81 586B80006 33 1 16 586 2
82 586B80011 33 1 16 586 2
83 586B80015 33 1 16 586 2
84 657B43004 34 1 15 657 2
85 636B99009 35 1 23 636 2
86 691B68018 36 1 22 691 2
87 657B50013 41 1 15 657 2
88 741B95031 42 1 99 741 2
89 620B88003 46 0 2 620 2
90 620B90008 46 0 2 620 2
91 581B81001 46 0 5 581 2
92 581B81002 46 0 5 581 2
93 552B99002 46 0 10 552 2
94 459B85085 46 0 21 459 2
95 459B95055 46 0 21 459 2
96 101B75006 46 0 99 101 2
97 101B55060 46 0 99 101 2
98 101B79086 46 0 99 101 2
99 101B79058 46 0 99 101 2
100 101B85122 46 0 99 101 2
101 101B89115 46 0 99 101 2
102 101B85047 46 0 99 101 2
103 101B94123 46 0 99 101 2
104 101B95091 46 0 99 101 2
105 101B95038 46 0 99 101 2
106 101D98001 46 0 99 101 2
107 730B97005 46 0 99 730 2
108 741B85045 46 0 99 741 2
这是我的 Shiny App 代码：
library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival)
library(survminer)
library(dplyr)
attach(tdata)
studychoices=unique(tdata$Study)
groupchoices=unique(tdata$Group)
# Define UI
ui <- fluidPage(
titlePanel("Survival Data"),
selectInput(inputId = "studyselector",label="Select a Study:", choices=studychoices),
selectInput(inputId = "groupselector",label="Select a Group:", choices=groupchoices),
plotOutput("p1")
)
# Define server logic
server <- function(input, output) {
filter=reactive({
filteredData=tdata[tdata$Study==input$studyselector,]
return(filteredData)
})
output$p1=renderPlot({
fit=survfit(Surv(Time,Censored)~input$groupselector,data=filter())
ggsurvplot(fit,data=filter(),pval=TRUE,xlim=c(0,max(Time)+1),
title=paste("Study","INSERT HERE STUDY #", "Survival Plot for Group","INSERT HERE GROUP #"),
xlab="Time (Days)",
ggtheme=theme(plot.title=element_text(hjust=0.5)))
})
}
# Run the application
shinyApp(ui = ui, server = server)
我有以下两个问题：
1.) 当我 运行 应用程序时，我在外部 window 中收到一条错误消息，内容为“错误：变量长度不同（为‘input$groupselector’找到）”。那里此数据中没有 NA，我指定要使用的数据是基于研究选择的 filter() 数据集，所以我不确定为什么会弹出此错误。
2.) 如何动态更改标题中的 Study # 和 Group #？我知道如何使用普通的 R 函数来做到这一点，但我对 Shiny 设置有点迷茫。
如有任何帮助，我们将不胜感激！谢谢！
已编辑解决方案
这现在应该可以工作了 - 已将 Group 列编辑为二进制 in/out 当传递给您的反应性数据框时，它应该适当地为行着色：
library(tidyverse)
library(survival)
library(survminer)
library(shiny)
ui <- fluidPage(
titlePanel("Survival Data"),
selectInput(inputId = "studyselector",label="Select a Study:", choices=studychoices),
selectInput(inputId = "groupselector",label="Select a Group:", choices=groupchoices),
plotOutput("p1")
)
# Define server logic
server <- function(input, output) {
filter=reactive({
filteredData=data[data$Study==input$studyselector,]
filteredData['Group'] = ifelse(filteredData$Group==input$groupselector,
input$groupselector,
"Others")
return(filteredData)
})
output$p1=renderPlot({
fit=survfit(Surv(Time,Censored)~Group,data=filter()) # `Group` as variable to stratify by?
ggsurvplot(fit,data=filter(),pval=TRUE,xlim=c(0,max(filter()$Time)+1),
title=paste("Study",
input$studyselector, # paste these bits straight in
"Survival Plot for Group",
input$groupselector), # here too
xlab="Time (Days)",
ggtheme=theme(plot.title=element_text(hjust=0.5)))
})
}
# Run the application
shinyApp(ui = ui, server = server)
如果有任何错误或进一步的错误，请在评论中告诉我ideas/questions！
我是 R Shiny 的新手，我正在尝试构建一个 Shiny Web 应用程序，该应用程序可以生成带有两个反应输入的生存图。第一个输入是研究（总计 = 4）。第二个输入是用于比较生存曲线的组（总计 = 19）。理想情况下，这两个输入将使我能够在特定研究中看到 X 组生存曲线与所有其他组的生存曲线相比如何。
这是我的数据示例：
ObsNum UniqueID Time Censored Group Group2 Study
1 523B95015 27 1 1 523 1
2 523B95014 27 1 1 523 1
3 523B85051 27 1 1 523 1
4 523B95009 27 1 1 523 1
5 523B85048 27 1 1 523 1
6 523B85050 27 1 1 523 1
7 675B89002 27 1 8 675 1
8 556B95006 27 1 12 556 1
9 556B85030 27 1 12 556 1
10 556B85044 27 1 12 556 1
11 556B95035 27 1 12 556 1
12 556B95000 27 1 12 556 1
13 556B95004 27 1 12 556 1
14 556B95002 27 1 12 556 1
15 756Y81172 27 1 17 756 1
16 741B95022 27 1 99 741 1
17 741B95020 27 1 99 741 1
18 619B92008 28 1 7 619 1
19 552B89003 28 1 10 552 1
20 101B94097 28 1 99 101 1
21 101B94098 28 1 99 101 1
22 618C84582 29 1 23 618 1
23 618C84580 29 1 23 618 1
24 618C84581 29 1 23 618 1
25 730B90003 29 1 99 730 1
26 646B42015 34 1 4 646 1
27 671B60009 35 1 17 671 1
28 612C80247 35 1 21 612 1
29 700C64500 35 1 99 791 1
30 101B89052 40 1 99 101 1
31 101B85047 40 1 99 101 1
32 101B95068 40 1 99 101 1
33 538B70011 51 1 10 538 1
34 689C85036 57 1 1 689 1
35 689C95450 57 1 1 689 1
36 556B85050 62 1 12 556 1
37 636B80005 62 1 23 636 1
38 636B92002 62 1 23 636 1
39 630B30005 70 1 2 630 1
40 642B80021 78 1 4 642 1
41 101B79173 86 1 99 101 1
42 523B81007 106 0 1 523 1
43 620B88003 106 0 2 620 1
44 642B40002 106 1 4 642 1
45 642B40001 106 1 4 642 1
46 581B81002 106 0 5 581 1
47 581B81001 106 0 5 581 1
48 573B95000 106 0 8 573 1
49 589B80015 106 0 15 589 1
50 589B80016 106 0 15 589 1
51 657B50013 106 0 15 657 1
52 657B43004 106 0 15 657 1
53 459B85085 106 0 21 459 1
54 459Y81171 106 0 21 459 1
55 101B75006 106 0 99 101 1
56 101SC8023 106 0 99 101 1
57 101B85122 106 0 99 101 1
58 101B55116 106 0 99 101 1
59 101B79086 106 0 99 101 1
60 101B95066 106 0 99 101 1
61 730B97005 106 0 99 730 1
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64 556B85077 1 1 12 556 2
65 636B92003 1 1 23 636 2
66 101B94137 1 1 99 101 2
67 700C64500 5 1 99 791 2
68 463Y91171 6 1 20 463 2
69 618C84319 6 1 23 618 2
70 776C93046 6 1 99 776 2
71 556B95042 7 1 12 556 2
72 556B95043 7 1 12 556 2
73 556B97000 7 1 12 556 2
74 549B80069 7 1 17 549 2
75 573B95000 22 1 8 573 2
76 580B90024 22 1 16 580 2
77 523B81007 28 1 1 523 2
78 520B60012 32 1 16 520 2
79 520B70011 32 1 16 520 2
80 586B70008 33 1 16 586 2
81 586B80006 33 1 16 586 2
82 586B80011 33 1 16 586 2
83 586B80015 33 1 16 586 2
84 657B43004 34 1 15 657 2
85 636B99009 35 1 23 636 2
86 691B68018 36 1 22 691 2
87 657B50013 41 1 15 657 2
88 741B95031 42 1 99 741 2
89 620B88003 46 0 2 620 2
90 620B90008 46 0 2 620 2
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94 459B85085 46 0 21 459 2
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96 101B75006 46 0 99 101 2
97 101B55060 46 0 99 101 2
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104 101B95091 46 0 99 101 2
105 101B95038 46 0 99 101 2
106 101D98001 46 0 99 101 2
107 730B97005 46 0 99 730 2
108 741B85045 46 0 99 741 2
这是我的 Shiny App 代码：
library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival)
library(survminer)
library(dplyr)
attach(tdata)
studychoices=unique(tdata$Study)
groupchoices=unique(tdata$Group)
# Define UI
ui <- fluidPage(
titlePanel("Survival Data"),
selectInput(inputId = "studyselector",label="Select a Study:", choices=studychoices),
selectInput(inputId = "groupselector",label="Select a Group:", choices=groupchoices),
plotOutput("p1")
)
# Define server logic
server <- function(input, output) {
filter=reactive({
filteredData=tdata[tdata$Study==input$studyselector,]
return(filteredData)
})
output$p1=renderPlot({
fit=survfit(Surv(Time,Censored)~input$groupselector,data=filter())
ggsurvplot(fit,data=filter(),pval=TRUE,xlim=c(0,max(Time)+1),
title=paste("Study","INSERT HERE STUDY #", "Survival Plot for Group","INSERT HERE GROUP #"),
xlab="Time (Days)",
ggtheme=theme(plot.title=element_text(hjust=0.5)))
})
}
# Run the application
shinyApp(ui = ui, server = server)
我有以下两个问题：
1.) 当我 运行 应用程序时，我在外部 window 中收到一条错误消息，内容为“错误：变量长度不同（为‘input$groupselector’找到）”。那里此数据中没有 NA，我指定要使用的数据是基于研究选择的 filter() 数据集，所以我不确定为什么会弹出此错误。
2.) 如何动态更改标题中的 Study # 和 Group #？我知道如何使用普通的 R 函数来做到这一点，但我对 Shiny 设置有点迷茫。
如有任何帮助，我们将不胜感激！谢谢！
已编辑解决方案
这现在应该可以工作了 - 已将 Group 列编辑为二进制 in/out 当传递给您的反应性数据框时，它应该适当地为行着色：
library(tidyverse)
library(survival)
library(survminer)
library(shiny)
ui <- fluidPage(
titlePanel("Survival Data"),
selectInput(inputId = "studyselector",label="Select a Study:", choices=studychoices),
selectInput(inputId = "groupselector",label="Select a Group:", choices=groupchoices),
plotOutput("p1")
)
# Define server logic
server <- function(input, output) {
filter=reactive({
filteredData=data[data$Study==input$studyselector,]
filteredData['Group'] = ifelse(filteredData$Group==input$groupselector,
input$groupselector,
"Others")
return(filteredData)
})
output$p1=renderPlot({
fit=survfit(Surv(Time,Censored)~Group,data=filter()) # `Group` as variable to stratify by?
ggsurvplot(fit,data=filter(),pval=TRUE,xlim=c(0,max(filter()$Time)+1),
title=paste("Study",
input$studyselector, # paste these bits straight in
"Survival Plot for Group",
input$groupselector), # here too
xlab="Time (Days)",
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# Run the application
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