从 R 循环中的列表中的 S4 对象访问槽

Question

我正在尝试从 R 循环中列表内的对象访问特定槽：

mysamples<-'a_vcf', 'b_vcf', 'c_vcf'

for(i in mysamples){
vcf<-mget(i)
a<-vcf$i@rowRanges
}

但这不起作用：

Error in eval(quote(list(...)), env) : 
  trying to get slot "rowRanges" from an object of a basic class ("NULL") with no slots

mget() 生成一个名为 vcf 的列表，其中包含一个名为 i 的 S4 对象（例如：a_vcf）；但是，使用 vcf$i 而不是 vcf$a_vcf 不起作用。

我该如何解决这个问题？

Answer 1

您不能以这种方式使用 $ 运算符 - 您必须改用 [[ 运算符。因此，如果您的结构按照您的描述设置，即您有名为 a_vcf、b_vcf、c_vcf 的列表，其中每个列表都包含一个同名元素，那么以下将工作：

for(i in mysamples){
vcf <- mget(i)
a <- vcf[[i]]@rowRanges
}

但是，请记住你每次都覆盖了a，所以在循环完成后，你只会将c_vcf$c_vcf@rowRanges的值写入a。

Access slot from S4 object in a list within an R loop