子图中的 networkx 正在绘制部分位于轴框架之外的节点

Question

当我在子图中绘制 networkx 图时，一些节点在轴的框架中被部分切断。我已经用所有不同类型的图形和布局尝试过这个，它总是一个问题。它总是切断我的节点。就好像 networkx 在比实际更大的轴上绘制图形。

这是一个最小的例子

plt.subplot(2, 1, 1)
plt.scatter(range(10), range(10))

plt.subplot(2, 1, 2)
G = nx.erdos_renyi_graph(20, p=0.1)
nx.draw_networkx(G)
plt.show()

这就是我从中得到的。如您所见，节点 0 和节点 7 不适合框架。

Answer 1

只需调整一下数字大小就可以了。尝试通过子图的 figsize 参数设置更大的图形尺寸：

f, axs = plt.subplots(2,1,figsize=(15,15))
axs[0].scatter(range(10), range(10))
G = nx.erdos_renyi_graph(20, p=0.1)
nx.draw_networkx(G, ax=axs[1], node_color='lightgreen')

您还可以查看 networkX 的布局，例如 spring_layout，它允许将节点封装在由 scale 参数指定的给定框大小内。这是一个例子：

f, axs = plt.subplots(2,1,figsize=(15,15))
axs[0].scatter(range(10), range(10))
G = nx.erdos_renyi_graph(20, p=0.05)
pos = nx.spring_layout(G, k=0.7, scale=0.05)
nx.draw_networkx(G, pos=pos, ax=axs[1], node_color='lightgreen')

Answer 2

背景

您的问题似乎是由 matplotlib 3.2.0 引入的新 autoscaling 算法引起的。在 link 它指出，旧算法确实

for Axes.scatter it would make the limits large enough to not clip any markers in the scatter.

因此，新算法已停止执行此操作，从而导致出现可爱的节点。

如何解决您的问题

您可以简单地增加轴的长度：

import networkx as nx
import matplotlib.pylab as plt

figure = plt.subplot(2, 1, 1)
plt.scatter(range(10), range(10))

plt.subplot(2, 1, 2)
G = nx.erdos_renyi_graph(20, p=0.1)
nx.draw_networkx(G)
axis = plt.gca()
# maybe smaller factors work as well, but 1.1 works fine for this minimal example
axis.set_xlim([1.1*x for x in axis.get_xlim()])
axis.set_ylim([1.1*y for y in axis.get_ylim()])
plt.show()

Answer 3

由于其他答案需要用户在迭代过程中手动调整一些参数，所以我想添加自己的答案。它是自动的，但当前的实现仅在所有节点大小都相等时才有效。

节点大小以磅为单位，因此它们不随图像缩放。尽管此答案以编程方式工作，但如果您以交互方式更改图的 window 大小，则它不起作用。 fix_graph_scale 函数的前半部分根据未来的 x 和 y 比例计算节点半径。后半部分设置轴比例，使其包括所有节点位置加上节点大小的一半。

get_ax_size 函数来自 unutbu's answer，稍作修改。

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

def get_ax_size(ax):
    bbox = ax.get_window_extent().transformed(ax.figure.dpi_scale_trans.inverted())
    width, height = bbox.width, bbox.height
    width *= 72
    height *= 72
    return width, height

def fix_graph_scale(ax,pos,node_size = 300):

    node_radius = (node_size / 3.14159265359)**0.5

    min_x = min(i_pos[0] for i_pos in pos.values())
    max_x = max(i_pos[0] for i_pos in pos.values())
    min_y = min(i_pos[1] for i_pos in pos.values())
    max_y = max(i_pos[1] for i_pos in pos.values())

    ax_size_x, ax_size_y = get_ax_size(ax)
    points_to_x_axis = (max_x - min_x)/(ax_size_x-node_radius*2)
    points_to_y_axis = (max_y - min_y)/(ax_size_y-node_radius*2)
    node_radius_in_x_axis = node_radius * points_to_x_axis
    node_radius_in_y_axis = node_radius * points_to_y_axis

    ax_min_x = min_x - node_radius_in_x_axis
    ax_max_x = max_x + node_radius_in_x_axis
    ax_min_y = min_y - node_radius_in_y_axis
    ax_max_y = max_y + node_radius_in_y_axis

    ax.set_xlim([ax_min_x, ax_max_x])
    ax.set_ylim([ax_min_y, ax_max_y])

fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(2, 1)
ax1.scatter(range(10), range(10))

G = nx.erdos_renyi_graph(20, p=0.1)
pos = nx.drawing.spring_layout(G)
nx.draw_networkx(G,pos,ax=ax2)

default_node_size = 300
fix_graph_scale(ax2,pos,node_size = default_node_size)
plt.show()

Sample result

子图中的 networkx 正在绘制部分位于轴框架之外的节点

networkx in a subplot is drawing nodes partially outside of axes frame

python

visualization

matplotlib

networkx

背景

如何解决您的问题