从 R 中的 lme4 摘要中提取一列

Question

我想知道从下面的 vc 对象中仅提取（不像 HERE 那样打印）Std.Dev. 列作为向量的最有效方法是什么？

library(lme4)
library(nlme)

data(Orthodont, package = "nlme")
fm1 <- lmer(distance ~ age + (age|Subject), data = Orthodont)

vc <- VarCorr(fm1) ## extract only the `Std.Dev.` column as a vector

Answer 1

'vc' 的 str 结构表明它是一个具有单个元素 'Subject' 的 list 而 'stddev' 是一个属性

str(vc)
#List of 1
# $ Subject: num [1:2, 1:2] 6.3334 -0.3929 -0.3929 0.0569
#  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
#  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "age"
#  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "age"
#  ..- attr(*, "stddev")= Named num [1:2] 2.517 0.239  ####

所以，直接提取属性

attr(vc$Subject, "stddev")

残差标准差是一个外部属性

attr(vc, "sc")
#[1] 1.297364

如果我们将它们与 c 结合起来，我们会得到一个 vector

c(attr(vc$Subject, "stddev"), attr(vc, "sc"))
#   (Intercept)         age             
#  2.5166317   0.2385853   1.2973640

用 as.numeric/as.vector 包裹以删除名称，因为它是 named 矢量

或使用attributes

c(attributes(vc)$sc, attributes(vc$Subject)$stddev)

Answer 2

如果你想要列中的三个元素，你可以使用：

as.numeric(c(attr(vc[[1]], "stddev"), attr(vc, "sc")))

从 R 中的 lme4 摘要中提取一列

Extract a column from lme4 summary in R

r

extract

lme4

dataframe

nlme