将 Rmd 编织为 PDF 时 knitr 出错，但代码运行正常？

Question

我正在尝试编织一个 Rmd 文件，代码运行良好，但是当我尝试编织时，我返回并在它到达我的第一个 R 代码块时出错：

Error in as.data.frame.default(x) : 
  cannot coerce class '"function"' to a data.frame
Calls: <Anonymous> ... merge.default -> merge -> as.data.frame -> as.data.frame.default
Execution halted

如果我删除我的第一块代码，无论新的第一块代码是什么，都会弹出类似的错误。

编辑：这是我的第一个

 ---
title: "[title]"
author: "[Name]"
output:
  pdf_document: default
  word_document:
    fig_caption: yes
---


library(knitr)  
library(png) 

#The code book of the two data sets can be found in these two links:


wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/DEMO_I.htm  
wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/CBQ_I.htm  




install.packages("Hmisc")


library(Hmisc)

demo <- sasxport.get("https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/DEMO_I.XPT")

cbq <- sasxport.get("https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/CBQ_I.XPT")


`str(demo)`
`str(cbq)`


```{r}
eat <- merge(demo, cbq, by="seqn")
```



```{r}
dim(eat)
# = 52 columns
# = 9,971 rows

# OR can use
ncol(eat)
nrow(eat)
```

Answer 1

你的问题是可重复性和未定义的变量。您问题中的大部分代码不在代码块中，因此它将 print （尽管不是代码）但不会创建变量、加载库等。考虑到这一点，你可能会意识到 demo 和 cqb 从未在文档中定义。

这意味着如果其中一个作为对象存在于基础 R 环境中，那么它们存在但不是您认为的那样。在这种情况下，demo 实际上是一个函数 utils::demo 并且可用，因此 merge 试图用它做一些事情。不幸的是，正如您所料，没有逻辑可以对函数执行类似合并的操作。

我可以在我的控制台上重现你的错误：

ls()
# character(0)

# 'demo' not defined as a frame, so still utils::demo
# 'cbq' does not matter, because 'merge' cannot get past the problem with 'demo'

merge(demo, cbq)
# Error in as.data.frame.default(x) : 
#   cannot coerce class '"function"' to a data.frame

解决方法可能是将您的初始代码放在一个代码块中。

我不知道你打算用那里的 URL 做什么，但这里有一个不太畸形的 Rmd：

---
title: "[title]"
author: "[Name]"
output:
  pdf_document: default
  word_document:
    fig_caption: yes
---

The code book of the two data sets can be found in these two links:

- wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/DEMO_I.htm  
- wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/CBQ_I.htm  

```{r}
library(knitr)  
library(png) 
install.packages("Hmisc")
library(Hmisc)
demo <- sasxport.get("https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/DEMO_I.XPT")
cbq <- sasxport.get("https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2015-2016/CBQ_I.XPT")
```

`str(demo)`

`str(cbq)`

```{r}
eat <- merge(demo, cbq, by="seqn")
```

```{r}
dim(eat)
# = 52 columns
# = 9,971 rows

# OR can use
ncol(eat)
nrow(eat)
```

关于此的一些说明：

除非这旨在始终运行在无菌 R 环境中（例如，docker 容器），否则我发现 install.packages 不仅很差设计，但对可能使用此 Rmd 文档的任何其他人也不公平：也许我打算保留稳定的旧包版本（可再现性！），但仅通过呈现您的文档，我的包就可撤销地升级了。
您 `str(demo)` 正在以固定宽度字体打印文字字符串 "str(demo)"，但运行什么也没打印。这可能会进入代码块，或者您可以通过使用 `r str(demo)`（即反引号、"r"、space、代码、反引号）来使用内联代码。

将 Rmd 编​​织为 PDF 时 knitr 出错，但代码运行正常？

Error with knitr when knitting Rmd to PDF, but code runs fine?

r

knitr

将 Rmd 编织为 PDF 时 knitr 出错，但代码运行正常？