无法使用 R 3.6 在 ubuntu 18.04 中安装 phytools

Question

无法安装 phytools

尝试使用开发工具

library(devtools)
install_github("liamrevell/phytools")

和

install.packages("phytools")

我一直收到同样的错误

ERROR: dependency ‘mnormt’ is not available for package ‘phytools’

我无法安装 mnormt 因为

package ‘mnormt’ is not available (for R version 3.6.3)

我的系统中已经安装了 gfortran

GNU Fortran (Ubuntu 7.5.0-3ubuntu1~18.04) 7.5.0

非常感谢任何帮助，谢谢

Answer 1

尝试在安装命令中添加标签版本，例如：devtools::install_github('cran/mnormt@R-3.0.3')

检查您需要的版本并替换“@”后的标签。

Answer 2

mnormt 的 current 版本依赖于 R 的 current 版本；您选择保留一个落后的版本。

所以只需要安装之前版本的mnormt，例如通过

cd /tmp
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/mnormt/mnormt_1.5-7.tar.gz
R CMD INSTALL mnormt_1.5-7.tar.gz

在最后一个 INSTALL 命令前加上 sudo，或者更改 /usr/local/lib/R/site-library 的 permission/group 成员资格，如果 R 告诉你它不能写在那里。

安装 mnormt 后，继续安装 phytools。

Answer 3

在 Ubuntu Linux 我无法让 R 更新到最新版本（在撰写本文时 >4.0），所以，就像德克建议的那样，我必须安装旧版本的包，一个兼容R版本的我是运行ning.

我的 R 版本是 3.6.3，2020 年 2 月发布

我看到版本 1.5-6 是最新版本，它早于我的 R 版本

在这些页面之后：“安装旧版本的软件包”https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/219949047-Installing-older-versions-of-packages 我将相关的 url 复制到此代码中，并运行它在 R

中

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/mnormt/mnormt_1.5-6.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

这解决了我安装 mnormt 的问题，还允许以标准方式安装依赖于它的包（据我测试）

cannot install phytools in ubuntu 18.04 with R 3.6