igraph 中 10 个最具代表性的节点的子图

Question

我有一个如下所示的属性数据框文件，还有一个如下所示的网络矩阵，我将属性正确地附加到数据上。但现在 1- 我想要最多的 30 个作者，在学位方面最具代表性，我知道我应该使用子图，但我不确定我的代码是否正确

2-我想要引用次数最多的作者，因为我想绘制它们。

有人可以帮助我吗？

my attribute set
Code    Sector  AUTHOR  H.Index NumDocs References  Citations
<fct>   <fct>   <fct>   <int>   <int>   <int>   <int>
S0004   SECS-S/01   AGATI P 2   6   134 32
S0005   SECS-S/01   AGOSTINELLI C   5   11  127 39
S0008   SECS-S/01   ALFO M  8   24  688 151
S0025   SECS-S/01   AREZZO MF   1   NA  NA  11

my data
      S0001 S0004   S0005   S0008   S0025   A0005   A0008   A0009
S0001   0     0      0        0      0       0        1       1
S0004   0     1      1        1      0       0        0       0
S0005   0     1      1        1      0       0        0       0
S0008   0     1      1        1      0       0        0       0
S0025   1     1      1        0      0       0        0       1
A0005   0     1      1        1      0       0        0       0
A0008   0     1      1        1      0       0        0       0
A0009   1     1      1        0      0       0        0       1

library("igraphdata")
library("igraph")
library("network")
library("statnet")
library("intergraph")

#Imagin my igraph object called PRIN_graph

#for the most represented authors:
DEG <-order(igraph::degree(PRIN_graph, mode = "all", normalized = T),decreasing = TRUE)
DEG[1:30]
HighDeg = induced_subgraph(PRIN_graph, DEG[1:30])
HighDeg

#how to get the vertex name for the most citations?
ci<- sort(unique(V(PRIN_graph)$Citations))
c<-sort(table(V(PRIN_graph)$Citations))
c

Answer 1

鉴于您的示例不可重现，假设您有一个 igraph 对象 g，具有顶点属性 citations（请参见下面的数据）。此外，前 10 个节点是 selected 而不是 30 个。您可以轻松更改它。

您可以简单地将逻辑向量传递给 induced_subgraph 命令，该命令用于对节点进行子集化。您可以通过组合 rank 和 < 来获得这样的向量，这也可以帮助您处理排名中可能存在的关系。有点不清楚你对领带的偏好是什么，我假设如果两个或更多观察值匹配排名 10，那么你将保留它们。另一种方法是保留第一个或最后一个，或者随机保留 select 个（查看 ties.method 中的 rank）。

g.s <- induced_subgraph(g, rank(-V(g)$citations) < 11 )

get.vertex.attribute(g.s, "citations")
[1] 16 11 12 16 11  9  9 13 13 14 12

get.vertex.attribute(g.s, "label")
[1] "id1"  "id4"  "id6"  "id7"  "id10" "id12" "id13" "id15" "id17" "id19" "id20"

如您所见，返回了包含前 10 名被引用人物的图表。请注意，在等级 10 处有两个值为 9 的观测值，因此我们总共有 11 个节点。

您可以使用 degree 做完全相同的事情。首先将度数添加到属性列表中，然后对其进行子集：

V(g)$degree <- degree(g)
g.s <- induced_subgraph(g, rank(-V(g)$degree) < 11 )

数据：

library(igraph)
set.seed(123)
n <- 20
p <- 0.5
g <- random.graph.game(n, p)

# att attributes
V(g)$label <- paste0("id",1:n)
V(g)$citations <- rpois(n, 10)

vertex.attributes(g)

$label
 [1] "id1"  "id2"  "id3"  "id4"  "id5"  "id6"  "id7"  "id8"  "id9"  "id10" "id11"
[12] "id12" "id13" "id14" "id15" "id16" "id17" "id18" "id19" "id20"

$citations
 [1] 16  5  6 11  5 12 16  5  2 11  6  9  9  4 13  8 13  6 14 12

igraph 中 10 个最具代表性的节点的子图

sub graph of the 10 most represented node in igraph

r

igraph